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本發明涉及生物發酵方法技術領域，特指一種深層發酵低桔霉素紅曲紅色素的制備方法。該制備方法為：A、菌種采用紅曲菌T6611菌株；B、菌種培養基為：(1)分離培養基PDA；(2)分離培養基CYA；(3)斜面培養基KMA；C、菌種的選育：通過基因工程技術或紫外誘變或者化學誘變；D、發酵培養基：以大米為主要原料(碳源)，黃豆、蛋白胨、玉米漿等為輔料(氮源)、乳酸調節pH值；E、發酵：采用液態發酵罐發酵，發酵的溫度為32～36℃，通風比為1∶0.3～0.6，罐壓0.4～0.7MPa，時間65～85H；F、提取紅曲紅色素。通過本發明制備的紅曲紅色素色價高，而桔霉素含量則始終處于非常低的水平，甚至不含桔霉素。
一種深層發酵低桔霉素紅曲紅色素的制備方法，其特征在于：通過基因敲出代謝工程、傳統工藝優化技術、膜分離技術等，得到工業化生產的無桔霉素紅曲紅產品，其制備方法包括：A、菌種采用天益公司生產的紅曲菌株T6611；

B、菌種培養基為：(1)分離培養基PDA、CYA；(2)斜面培養基KMA；C、菌種的選育：選擇培養好的菌種通過基因工程技術或經紫外誘變或者化學誘變；D、發酵培養基：以大米為主要原料作為碳源，黃豆、蛋白胨、玉米漿為輔料作為氮源、乳酸調節PH值；E、發酵：采用液態發酵罐發酵，發酵的溫度為32～35℃，通風比為1∶0.3～0.7，罐壓0.4～0.7MPa，時間65～85H；F、提取：采用納濾、超濾集成技術，在提取精制過程中，有效地將大分子蛋白、小分子有機酸、糖與天然色素分離開，使產品的純度顯著提高，去除部分桔霉素，紅曲色素純度和穩定性顯著提高