超凈臺進風口在背面或正面的下方，金屬網罩內有一普通泡沫塑料片或無紡布，用以阻攔大顆粒塵埃，應常檢查、拆洗，如發泡沫塑料老化，及時更換。除進風口以外，如有漏氣孔隙，應當堵嚴，如貼膠布，塞棉花，貼膠水紙等。工作臺正面的金屬網罩內是超級濾清器，超級濾清器也可更換，如使用年久，塵粒堵塞，風速減小，不能保證無菌操作時，則可換上新的。
無菌室應定期用70%酒精或%噴霧降塵和消毒，用2%新潔爾滅抹拭臺面和用具（70%酒精也可），用（40%）加少量定期密閉熏蒸，配合紫外線滅菌燈（每次開啟15分鐘以上）等等消毒滅菌手段，以使無菌室經常保持度的無菌狀。接種箱內部也應裝有紫外線燈，使用前開燈15分鐘以上照射滅菌，但凡是照射不到之處仍是有菌的。在紫外線燈開啟時間較長時，可激發空氣中的氧分子締合成臭氧分子，這種氣分有很強的殺菌作用，可以對紫外線沒有直接照到的角落產生滅菌效果。由于臭氧有礙健康，在進入操作之前應先掉紫外線燈，后十多分鐘即可入內。
超凈工作臺原理是在在特定的空間內，室內空氣經預過濾器初濾，由小型離心風機壓入靜壓箱，再經空氣過濾器二級過濾，從空氣過濾器出風面吹出的潔凈氣流具有一定的和均勻的斷面風速，可以排除工作區原來的空氣，將塵埃顆粒和生物顆粒帶走，以形成無菌的高潔凈的工作環境。
在超凈工作臺上亦可吊裝紫外線燈，但應裝在照明燈罩之外，并錯開照明燈的排列，這樣在工作時不妨礙照明。若將紫外線燈裝入照明燈罩（玻璃板）里面，這是毫無用處的，為紫外線不能穿透玻璃，它的燈管是石英玻璃，而不是硅酸鹽玻璃的。
超凈臺使用壽命的長短與空氣的潔凈度有。在溫帶地區超凈臺可在一般實驗室使用，然而在熱帶或亞熱帶地區，由大氣中含有量的花粉，或多粉塵的地區，超凈臺則宜放在較好的有雙道門的室內使用。任何情下不應將超凈臺的進風罩對著開敞的門或窗，以免影響濾清器的使用壽命。
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