依據具體的有機肥生產需要有不一樣的配置，不同的有機肥生產線配置價格也不相同。有機肥生產線有高中低三種設備配置，大型的肥料廠要采用自動化有機肥設備生產配置，做出的有機肥料成品外觀以及養分含量都能達到市場要求，在成品有機肥的推廣占有較大的優勢。中、低配置的有機肥生產線適合中小型肥料廠，成品有機肥的銷售范圍于附近地區，有機肥生產過程中部分工序需要人工完成。

不管生物肥料的歷史如何，微生物制劑仍繼續向前發展。自20世紀80年始， 人們以極大的精力關注著用于環境和農作物的生物肥料，其原因是這類產品能有效地解決存在的一些問題，特別是無公害和消除環境的污染。因此，要研制出一種既 具有肥料功能，又具有消除環境污染的能力，就十分困難。其難點在于：（1）一種微生物具有提供植物營養功能（如固氮基因等），但不一定能具有分解污染的能 力（即分解物質的基因）。要實行基因轉移十分困難，還要巨大的投資；（2）土壤污染無種類很多，現已有105種以上的物質對環境造成了污染。這些污染物結 構和化學成分各不相同，所以不可能用105種微生物混合一起來做成制劑。基因轉移更難以達到；（3）生物殺蟲劑和生物除莠劑等的原理和差異十分巨大， 原則上為一菌一種用途。所以只能制成單一的菌劑。而且發揮作用的時間較長；（4）生物肥料中的菌劑有些不是典型的土壤微生物，當其制成菌劑施入土壤后難以 成活，而且在使用前通常也只能保持3個月的貨架期。

嚴格遵守操作規程，防止和避免破壞性的操作，防止和避免超負荷運行：大多的有機肥設備問題是由于操作不當或者保養不到位導致的，規范員工行為的意義就是防止和減少這類簡單原因導致的有機肥設備問題；

不斷的發現、防止和修復自然劣化，讓有機肥設備在潛在故障狀態就得到修復：自主維護的意義所在，通過一線員工參與時間發現問題，規范化生產維護（TnPM）倡導的發現和清除六源活動，其中很重要的一個環節就是解決故障源的問題；