1.現(xiàn)有生態(tài)浮島栽培不易進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化推廣應(yīng)用。不同的湖泊河流，其富營養(yǎng)化水平不同，水流、溫度、風(fēng)速、水體波動(dòng)等都各不相同，需要相應(yīng)的浮島設(shè)計(jì)組合和浮島植物種類搭配，很難制定一個(gè)統(tǒng)一的標(biāo)準(zhǔn)予以推廣應(yīng)用。

2.現(xiàn)有生態(tài)浮島難以推行機(jī)械化操作。生態(tài)浮島漂浮在水面上，日常的管理均在水面上完成，目前其管理操作大多采用人工完成，在小面積的試驗(yàn)示范中尚可，若大面積推廣，需要經(jīng)常、及時(shí)采收，人工操作就不能滿足需要，限制其發(fā)展。

3.現(xiàn)有生態(tài)浮島制作施工周期長。從目前來看多數(shù)的生態(tài)浮島都是采用現(xiàn)場制作及現(xiàn)場種植的模式，大面積制作施工周期較長。

4.現(xiàn)有生態(tài)浮島難以過冬。生態(tài)浮島上的植物大多數(shù)不能過冬，尤其在冬季天氣較冷的北方地區(qū)植物需要在第二年春天重新種植。

5.現(xiàn)有生態(tài)浮島多數(shù)采用大型水生植物及水生蔬菜難以抵抗的大風(fēng)、大雨及大浪。