好氧堆肥的過程，一般分為三個階段。
首先是中溫階段。中溫階段也稱產熱階段，是指堆肥過程的初期，堆層基本呈15～45℃的中溫，嗜溫性微生物較為活躍而且利用堆肥中可溶性有機物進行旺盛的生命活動。這些嗜溫性微生物主要以糖類和淀粉類為基質。
經過中溫堆肥階段后進入第二階段，也就是高溫階段。當堆溫升45℃以上時即進入高溫階段，在這一階段，嗜溫微生物受到抑制甚至死亡，取而代之的是嗜熱微生物。堆肥中殘留的和新形成的可溶性有機物質繼續被氧化分解，堆肥中復雜的有機物如半纖維素、纖維素和蛋白質也開始被強烈分解。
然后進入堆肥的第三個階段：降溫階段。在發酵后期，只剩下部分較難分解的有機物和新形成的腐殖質。此時微生物的活性下降，發熱量減少，溫度下降，嗜溫性微生物又占優勢，對殘余較難分解的有機物做進一步分解，腐殖質不斷增多且穩定化，堆肥進入腐熟階段，需氧量也大大減少，含水率降低，堆肥孔隙度增大，氧擴散能力增強，此時只需自然通風。
滾筒式發酵法。發酵滾筒為鋼結構，并設有驅動裝置，安裝成與地面傾斜～3°的角度，采用皮帶輸送機將畜禽糞便送入滾筒，滾筒定時旋轉，一方面使物料在翻動中補充氧氣，另一方面，因為滾筒是傾斜的，在滾筒轉動過程中，物料由進料端緩慢向出料端移動。當物料移出滾筒時，物料已經腐熟。
滾筒式反應器進行好氧堆肥的工作原理是：由進料裝置將進行了一定處理后的物料輸送到進料端，傳動裝置驅動反應器筒體滾動，帶動安裝在筒體內壁的推進抄板沿著圓周運動，從而不斷的將進料端的物料沿著筒體軸線方向向出料端移動，同時筒體內壁上起混合作用的抄板在簡體的帶動下進行圓周運動，使物料進行充分混合，而在整個過程中，物料便進行著好氧發酵分解。物料到達出料端后，由出料裝置將物料輸送到地點。此時，滾筒式好氧發酵反應器便對物料完成了一次好氧發酵堆肥，物料在輸送到的地點進行后續的堆肥。滾筒式反應器筒體及內部結構材料采用Q235，傳動裝置采用KR系列組合式大速比減速機，具有傳動平穩，抗沖擊，噪音低等特點。反應器能耗低，保溫層使堆肥釋放的熱量用于物料升溫，可大幅降低能耗。處理能力強，設備日處理量為1-19噸，也可定制更大規格產品，或多臺產品組合生產，應該范圍廣，可處理的物料有：動物糞便，餐廚垃圾，農業廢棄物，園林垃圾，污泥等有機廢物。
好氧發酵處理要想達到良好的產肥效果，就需要滾筒式好氧發酵處理裝置能夠對有機廢棄物發酵過程中的溫度、濕度以及供氧進行有效控制，進而使有機廢棄物內部水分蒸發干燥、良好控制熱量并維持微生物好氧呼吸；為了有效節約用于有機物發酵處理的制肥設施的占地面積，有效的方法就是縮短有機廢棄物好氧堆肥周期，利用有效的集熱保溫技術，在不增加制肥設施能耗的同時，能夠提高發酵初期有機物升溫速率，減少滾筒好氧發酵裝置熱量散失。
旋轉滾筒式有機廢棄物好氧發酵處理裝置，該裝備占地面積小，發酵效率高，可對好氧發酵反應進行控制而不會受環境因素的影響，并有效解決滾筒發酵裝置運轉過程中產生的惡臭污染。發酵滾筒的外部設置有保溫層，可穩定好氧發酵過程的溫度，生產過程無外加熱源、無異味釋放、連續動態、操作簡便實用。
有機肥發酵能快速分解有機質，同時強力降解蛋白質、發酵時間短，能有效殺死發酵物中的有害菌、蟲、蟲卵、草籽等。堆肥是常見的有機肥發酵方式，實際上，有機肥發酵是分為幾個階段的，包括發熱階段、高溫階段、降溫階段和腐熟保肥階段，在發熱階段，堆肥中的微生物產生大量的熱，不斷提高堆肥溫度，從20度左右上升至40度，接著進入高溫階段，在高溫階段中，好熱菌為主要種類，其對有機肥中的有機物進行分解并產生熱量堆積，溫度在65度左右，一段時間后進入降溫階段，當高溫持續一段時間后，其中的微生物活動微弱，降至40度以下，如果降溫過早，其中植物性物質分解不充分，在腐熟保肥階段，堆肥溫度降至氣溫左右。
發酵罐是由鋼板制成的滾筒形，滾筒直徑一般為～4m，長度4～40m。滾筒由二組托輪支承，由兩組驅動器帶動摩擦環傳動，作繞軸線的旋轉運動，滾筒軸線與地平面略有傾角，隨著滾筒的轉動，有機垃圾由筒壁帶動進行不斷翻動，與筒內空氣充分接觸，進行好氧消化，并由進料端慢慢地向出料端移動。滾筒一端設進風口 ，由送風機送入一定量的空氣，當冬季環境溫度較低時，也可送入高溫蒸汽助其加快發酵。滾筒另一端連接引風機， 將廢氣引入廢氣凈化裝置。由于滾筒內溫度可上升到55～65℃，有機垃圾中一般致病菌、寄生蟲和草籽都將被殺死，生產的堆肥符合衛生要求。在此過程中物料與空氣充分接觸進行充分發酵。
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