目前，密閉式堆肥系統有筒倉式堆肥反應器、塔式堆肥反應器、滾筒式堆肥反應器和隧道或箱式發酵倉等形式。筒倉式堆肥反應器類似于一種從頂部進料、底部卸出堆肥的筒倉，每天都由一臺旋轉鉆在筒倉的上部混合堆肥原料并從底部取出堆肥。通風系統使空氣從筒倉的底部通過堆料，在筒倉的上部收集和處理，這種堆肥方式典型的堆肥周期為14天，每天取出的堆肥體積和重新裝入的原料體積是筒倉的1/14，從筒倉中取出的堆肥經常堆放在第二個通氣筒倉繼續腐熟。由于在筒倉垂直安裝，因而這種系統使堆肥的占地面積很小。但物料在筒倉中從上至下逐層壓實，會出現溫度和曝氣等難于控制的問題。塔式堆肥反應器的外殼由混凝土或鋼板制成，內部有許多層塔板，物料從塔頂進入，通過發酵塔旋轉臂上的犁形片攪拌翻動并逐層向下移動，由底層出料。物料下移同時用鼓風機將空氣送到各層進行強制曝氣。這種堆肥反應器具有處理量大、占地面積小的優點，但一次性投資高，設備結構復雜，活動部件多，維護工作量較大。
滾筒式堆肥反應器是一種使用水平滾筒來混合、曝氣以及排出堆肥的系統。滾筒固定在大的支座上，并且通過一個機械傳動裝置來轉動。滾筒可分為合體式滾筒和分體式滾筒。合體式滾筒使所有物料按照其裝入滾筒時的次序運動，滾筒旋轉的速度和旋轉時的傾斜度決定了堆肥的停留時間。采用鼓風機強制曝氣，空氣流動方向與物料移動方向相反。通常滾筒式堆肥反應器可24小時連續運行，堆肥周期4-7天。優點是物料在滾筒內反復升高、跌落，可使筒內溫度均勻化。實用性強，節約能源。
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