奧林巴斯CX33作為全新的生物顯微鏡，一般常應用于生物學中觀察細胞結構、微生物等人眼看不到的物體，采用UIS2無限遠光學系統的CX33仿佛就是為這些而生，作為精密的光學儀器，用戶在操作或者使用的過程中一定要明確了解其各光學部件以及各部件的作用，只有如此才可以掌握正確的使用方法，成為一個既會使用又會維護的顯微鏡達人。
為了保證CX33在使用中的正確性，以及使用壽命的長化，我們在使用顯微鏡時，必須有正確的應用技巧，能明白顯微鏡該如何正確使用。在此之前，用戶需要明白：奧林巴斯CX33是光學顯微鏡，而光學顯微鏡是通過光學放大而不是通過電子目鏡放大，是純光學的放大。因此目鏡等光學部件的保護尤為重要。
CX33的應用應在無塵的室內進行，且在使用環境中需要保證顯微鏡是平放在工作臺上的，在使用的過程中，操作者使用一只手調節焦距和載物臺的時候，另一只手可以迅速地放置樣品，從而使得操作動作少化，這得益于全新的CX33將人手與控制旋鈕進行很好匹配的顯微鏡鏡架，符合了人體工學的要求，提高了工作效率，
在放置樣品的過程中，用戶可以用單手快速地將樣品放入取出。樣品夾夾口略開，在操作過程中將樣品牢牢夾住。這種多用樣品夾適用于多種樣品類型。低位配置的調焦旋鈕可以使操作者在使用顯微鏡觀察的同時，能夠將雙手及前臂放在觀察臺上，有助于實現肢體的舒適度提升。聚焦塞可以在高放大倍數觀察時，防止樣品意外碰撞物鏡。
除此之外，奧林巴斯CX33配置的雙人共覽附件能夠允許兩位操作者，在相同的放大倍數、亮度條件下，從同一方向對單一樣品進行雙重、同步觀察。同時也可以使用指針指示樣品的特定部位，以此在簡化培訓過程的同時強化研究探討。
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