槽式發酵有預混系統、布料系統、翻拋發酵系統、收料系統、曝氣系統、尾氣除臭系統六部分組成。
一、預混系統。在物料進入發酵槽之前雞（豬）糞和填充料進行混料以獲得合適的含水率與碳氮比，并保持一定的疏松度，使氧氣容易擴散進去，堆肥含水率為50%~60%，碳氮比為（25~30）：1。
容積是根據翻拋機的跨度、發酵周期進行設計的，發酵槽寬度為4米，高米，長48~60米。
二、翻拋發酵系統。
發酵槽為鋼筋混凝土結構，相鄰兩個發酵槽共用池壁，池壁要求能承受翻拋機的壓力，池底既要承受發酵物料的重力，又要承受裝載機的重力，同時還要滿足通風的要求。
三、發酵槽布料系統。單槽結構形式，發酵料從一端進入，成品料從另一端移出；多槽結構形式，用自動布料機裝滿發酵槽前段3~4米，每翻拋一次物料移動4米。
四、發酵槽收料系統。多槽結構形式，翻拋機每翻拋一次物料移動4米，出料時采用自動收料裝置將發酵槽內的物料收集至陳化車間。
五、曝氣給氧。高壓鼓風機強制供氧，給氧空氣從發酵槽底部的補氣板向上進入發酵料堆
六、尾氣除臭。發酵堆肥過程中會有大量的水以水蒸氣的形式散發出來，同時還伴隨氨氣、硫化氫等臭味氣體產生。
在堆肥車間頂部設置若干臺射流風機向車間兩側吹，用來組織車間氣流，并在車間兩側設若干個排風口，排風口接排風管道通向生物濾池。
七、陳化車間。發酵后的雞（豬）糞尚未腐熟，需要繼續進行二次陳化。
好氧堆肥是在通氣條件好，氧氣充足的條件下，好氧菌對廢物進行吸收、氧化以及分解的過程。好氧微生物通過自身的生命活動，把一部分被吸收的有機物氧化成簡單的無機物，同時釋放出可供微生物生長活動所需的能量，而另一部分有機物則被合成新的細胞質，使微生物不斷生長繁殖，產生出更多生物體。
通常，好氧堆肥的堆溫較高，一般宜在55-60℃時較好，所以好氧堆肥也稱高溫堆肥。高溫堆肥可以限度地殺滅病原菌及雜草種子，同時，對有機質的降解速度快，堆肥所需天數短，臭氣發生量少，是堆肥化的。
堆肥原料要求
1、適用于堆肥原料密度為350~650kg/㎡
2、組成中（濕重）有機物含量不少于20%
3、原料含水率40%~60%
4、原料C/N比為（20~30）：1
5、PH值是中性或弱酸性6~9
好氧堆肥發酵
1、前期預混。將雞（豬）糞、填充料等按比例在混料機內強制混合均勻
2、升溫階段。堆體溫度逐步從環境溫度上升到45℃左右，主導微生物以嗜溫性微生物為主，有真菌、細菌和放線菌，分解底物以糖類和淀粉類為主。
3、高溫階段。堆體溫度升至45℃以上即進入高溫階段，嗜溫微生物受到抑制甚至死亡，而嗜熱微生物則上升為主導微生物。堆肥中殘留的和新形成的可溶性有機物質繼續被氧化分解，復雜的有機物如半纖維素、纖維素和蛋白質也開始被強烈分解。微生物的活動也是交替出現的，通常在50℃左右時的是嗜熱性真菌和放線菌，溫度上升到60℃時真菌幾乎停止活動，僅有嗜熱性細菌和放線菌活動，溫度升到70℃時大多數嗜熱性微生物已不再適應，并大批進入死亡和休眠階段。
4、降溫階段。高溫階段造成微生物的死亡和活動減少，慢慢進入低溫階段。在這一階段，嗜溫性微生物又開始占據優勢，對殘余較難分解的有機物作進一步的分解，但微生物活性普遍下降，堆體發熱量減少，溫度開始下降，有機物趨于穩定化，需氧量大大減少，堆肥進入腐熟階段。
5、陳化階段。發酵后的雞（豬）糞尚未腐熟，需要繼續進行陳化，陳化的目的是將雞（豬）糞中剩余有機物進一步分解、穩定，陳化后期堆肥的溫度逐漸下降，穩定在40℃左右，含水率可降低到20%~30%，堆肥腐熟后形成腐殖質。
發酵腐熟基本指標
1、松散度。生物發酵法從發酵的第四天開始松散，呈碎末狀。
2、氣味。生物發酵法從第2天開始臭味減輕，第4天基本消失，第5天消失，第7天散發泥土的清香。
3、溫度。生物發酵法第2天達到高溫階段，到7天開始回落。保持較長時間的高溫階段，發酵腐熟。
4、PH值。生物發酵法PH值達到。
5、含水率。發酵原料初始含水率55%，生物發酵法含水率可降到30%。
6、銨態氮（NH4+-N）。發酵開始時，銨態氮的含量迅速增加，在第4天時達到量，這是因為氨化作用以及有機氮的礦化作用引起的，隨后堆肥中的銨態氮由于揮發損失及轉化成為硝態氮而逐漸減少。當銨態氮小于400mg/kg達到腐熟標志。生物發酵法銨態氮含量可降低到215mg/kg左右。
7、碳氮比。堆肥碳氮C/N比達到20以下，就達到腐熟指標。
8、大腸桿菌數和蛔蟲卵死亡率。
糞大腸菌群數≤100個/克（mL）
蛔蟲卵死亡率≥95%
9、種子發芽率。生物法發酵法發酵的雞（豬）糞發芽率達到80%以上。
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