在使用巴氏殺菌機前，為了確保機器的正常運行，先打開真空泵奶泵循環(huán)水泵的冷卻水，使冷卻水供應(yīng)充分。檢查冷卻水水箱，確認水箱中有水。檢查真空表是否在零位及各泵接口，四段式殺菌器各接口是否接對。

采用巴氏殺菌法，對各類包裝產(chǎn)品、蔬菜或罐裝食品通過溫度自動調(diào)節(jié)，既能起到殺菌效果，又能保證蛋白質(zhì)等營養(yǎng)成份不在較大溫差范圍內(nèi)波動，保持食品原有的品質(zhì)。

巴氏殺菌機將殺菌槽中的熱水溫度控制在80-90攝氏度之間，達到對食品不加防腐劑和添加劑，而延長保質(zhì)期，從而保護了人們的生命健康，同時對殺菌后的物品通過冷卻水進行冷卻，并用強風(fēng)將包裝物表面吹干后包裝入庫。

巴氏殺菌機的巴氏滅菌形式，將產(chǎn)品加熱到145華氏度30分鐘，殺死大多數(shù)常見細菌。這種方法需要使用大罐或大桶，因此需要很大的空間，所以只有少數(shù)工廠制造和使用這種殺菌方法。