微波殺菌是在微波的熱效應和非熱效應的雙重作用下進行的，相比常規的溫度殺菌能在較低的溫度和很短的時間內獲得滿意的殺菌作用。一般的殺菌溫度在80℃左右，處理時間在3-5分鐘，且能較大限度的保持其營養成分。對的保留常規熱處理果蔬是46%-50%，微波則能達到60%-90%；對的保持常規熱處理是58%，而微波處理則到84%，并且不影響產品原有口味。

微波干燥殺菌特點：

1、干燥時間短，產品的香味濃厚；
2、干燥溫度低、均勻，產品的色澤亮麗；
3、選擇性加熱。因為水分子對微波吸收好，所以含水量高的部分，吸收微波功率多于含水量較低的部分。這就是選擇性加熱的特點，利用這一特點可以做到均勻加熱和均勻干燥；
4、節能高效。由于含有水分的物質容易吸收微波而發熱，因此除少量的傳輸損耗外，幾乎無其它損耗。故熱、節能。它比紅外干燥節能1/3以上。
5、殺菌效果好。實踐證明，利用微波殺菌一般在70℃就可全部殺死大腸桿菌，在80～90℃細菌總數大大降低，時間只需2～8分鐘。速度快，時間短，因此保留食品中的營養成份、傳統風味。
6、延長保質期。經微波殺菌處理的物料，可延長半年保質期，對提高產品質量及延長儲存周期有的效果。