手動三坐標測量儀相對自動模式要有一定的誤差，其主要原因有以下：
1 測量機在測量點的時候，通過測量機光柵記錄的點坐標是測針寶石球中心的坐標，而我們需要測量的點坐標是寶石球與工件接觸點的坐標，這兩者相差一個寶石球的半徑，由前者經計算得到后者的過程，我們稱之為測頭半徑修正（或測頭補償），是由測量機軟件來實現的。
2 測量機軟件進行測頭半徑修正的一個必要條件是要知道被測點的法向方向，在CNC測量（即自動測量）時，其法向方向是由程序給出的；而手動測量時只能根據測量的觸測方向或后退方向，來判斷其法向方向來進行測頭半徑修正。
3 在沿軸向方向測量點時，操縱桿比較容易掌握，法向方向比較容易判斷而且比較準確；但是與軸向有一定角度尤其是空間點的測量時，由于操縱桿操作的協調性問題使測量和后退的方向不能是法向方向。因此當方向差的比較多時就會出現測頭半徑補償方向錯誤的情況，即出現極大誤差。這對于操作測量機時間不多的操作人員來說是可能經常出現的。
4 所有測量軟件中對于測量點的測頭半徑修正都是沿機器或零件坐標系的軸向方向進行的，其原因就是因為點的方向矢量無法準確確定。
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