顯微鏡的清潔一般使用后用干凈柔軟的綢布輕輕擦拭目鏡和物鏡鏡片。聚光鏡和反光鏡只要擦干凈就可以了。顯微鏡上有較頑固的污跡，可用長纖維脫脂棉或干凈的細棉布蘸少些二甲笨或鏡頭清洗液(3份酒精∶1份)擦拭，然后用干凈細軟的綢布擦干或用吹風球吹干。
千萬要注意：清洗液千萬不能滲入到顯微鏡的物鏡鏡片內部，否則會損壞物鏡鏡片。純酒精和二甲苯容易燃燒，在將電源開關打開或關閉時要特別當心不要引燃這些液體。
物鏡和目鏡的生霉生霧的處理辦法
準備30%無水乙醇+70%，將不同顯微鏡鏡頭單獨分開放置干燥劑器皿中，用棉花棒，紗布，柔軟的刷子等比較柔軟的東西來擦拭油鏡當時就要清洗。特別是100X的油鏡，處理不當的話，前片容易浸油或開膠。目鏡可以自己拆下來清洗，16X目鏡注意別裝反了，前片凹面在上。但是物鏡卻不能隨便拆下。
注意：擦洗鏡頭時，不能過用力，以防止損傷鍍膜層。一般2個月能集中保養一次。顯微鏡多時，各個鏡頭要標號以免弄錯了搭配。
定期檢查是可以保持性能的穩定，建議做定期的檢查，保養。
綜上所述，顯微鏡的維護保養，主要做到防塵、防潮、防熱、防腐蝕。用后及時清洗擦拭干凈，并定期在有關部位加注中性潤滑油脂。對于一些結構復雜，裝配精密的零部件，如果沒有一定的專業知識，一定的技能和專用工具，就不能擅自拆裝，以免損壞零部件。
