海水淡化設備過量便會傷害到大自然，濃鹽水的處置方法有很多種。排入地表水系統和排入海洋這兩種方法均只能適量而行。所以一般不建議這種方法。引入蒸發池，這對蒸發池的建造和選址的要求比較嚴格，因為一旦不合理，會造成污水溢出，水體污染，一般適用于溫暖干燥氣候、土地費用低的國家。排入污水系統，把濃鹽水排入鄉村污水處置廠一起處理，不適合大規模處置，排放的利息會增加，比較適合中小型污水處置廠。

　　這樣就形成了淡水室和濃水室。直流電的作用之下，海水淡化設備中EDI模塊將樹脂夾在陰陽離子膜中間就形成了EDI單元。EDI模塊把一定的數量的EDI單元用隔板給隔開來。流過淡水室的陰陽離子分別流過陰陽離子膜到濃水室在淡水室當中去除了流過濃水室的水把離子帶出系統，成為濃水。EDI設備一般是以二級反滲透純水來給EDI給水。純水電阻率大多數在40-2μS/cmEDI純水電阻率能夠達到18MΩ.cm但是依據去離子水的用途而配置，EDI超純水適用于電阻率在1-18.2MΩ.cm范圍的純水。

　　海水淡化設備廢棄物一旦處置不當，不論是什么產業都會有廢棄物產出。往往會給環境帶來污染。海水淡化發生的濃鹽水便是如此。海水淡化濃鹽水(以下簡稱濃鹽水)鹽分含量，還摻雜著淡化過程中加入的化學物質，既不可直接利用，也不可隨意排放。如若把濃鹽水排放進海洋和地下水，只要逾越海洋和地下水的凈化能力，就會造成嚴重的水質污染，本就淡水資源短缺，若連海洋也被造成這般不可挽回的局面，后果可想而知。