當水溫升高后，在一些恒流量運行的系統中，我們會發現超純水器脫鹽率有所下降。這是由于水溫升高導致粘度下降而使水通量上升，如果繼續保持恒流量運行，就會造成生產同樣流量的水所需操作壓力降低，操作壓力降低就會造成脫鹽率下降，后續脫鹽設備的再生周期也會同時縮短。
要維持超純水器反滲透系統脫鹽率不變，就要采取恒壓運行，但此時產水量會有所上升，而且隨著溫度的上升，產水量會不斷增大。所以，在高水溫條件下，對于系統性能的維護需要根據實際需求進行相應的調節。
然而，高水溫對系統維護帶來的問題絕不僅僅是這些，更大的危險來自于微生物污染。夏天的水溫大多在15℃~30℃，而這個溫度也是大多數細菌生長的適宜條件。隨著水溫上升，細菌代謝速率和生長速率都會相應提高。
微生物一旦進入RO系統，將借助RO濃水段濃縮的營養鹽而繁殖生長，甚至在產水段也能存活。在水溫較熱的環境中，微生物繁殖迅速，幾天之內便可在RO膜表面形成生物膜層，致使RO系統進出水間壓差迅速加大，產水量與脫鹽率快速下降，同時產品水被污染。
當超純水器發生了微生物污染，就要及時采取措施，對系統進行化學清洗。推薦的清洗藥劑0.1%NaOH溶液+在清洗條件水溫度<30℃、pH值：11-12進行清洗
