比較顯微鏡可以用一個目鏡同時觀察到左右兩個顯微鏡下的標本像，從而能對它們進行宏觀及微觀上的比較，達到鑒定的目的。

簡易比較顯微鏡為組合式，主要作生物比較顯微鏡，也可取下比較頭作普遍顯微鏡使用。雙目觀察系統，減輕使用者眼睛疲勞，視野更大舒服。能左右單視場、切割視場、重疊視場觀察。具有倍率校正機構，使左右系統倍率嚴格一致。比較顯微鏡是部門和其它需要比較觀察部門的理想工具。

簡單來說，比較顯微鏡就是在兩個并排放置的顯微鏡上，通過一個視野進行觀察，專用于光學顯微鏡像比較的顯微鏡。比較顯微鏡在結構上與其他類型顯微鏡相對比而言，并沒有什么很特別的地方，可以說就是把兩臺顯微鏡合并在同一個鏡架上，再由兩個顯微鏡上所形成的像通過棱鏡系統，從兩個半圓形的光闌中投射到一個雙目鏡筒的兩個半圓的視場內，這兩個像常常可以被重合起來。
同時比較顯微鏡的構造和原理恰好與討論目鏡筒相反，但它們擁有的共同點就是鏡筒長度的伸長都要求進行補償。

專門用于醫學的比較顯微鏡有很多種類，如眼科用比較顯微鏡，在這種儀器中，一束光通過眼球的透明部分，可用來觀察眼球的“光學剖面”，從而更好地進行虹膜的移植手術。同樣在在婦科中可使用一種低倍的入射照明比較顯微鏡，更可檢查子宮內的某些特定部位，適用于子宮瘤的早期診斷。當然，在皮膚病科及其他醫學領域內更有毛細管顯微鏡，它很好的運用落射光來研究皮膚下脈管系統，同時經過一定的處理后，皮膚下的脈管系統就可以清楚地被觀察到。

通常來說，在一般顯微鏡中形成的像與物體本身對比是倒立的，但在比較顯微鏡中，這種倒立像對于標本的解剖或移動等操作來說是不太方便的。為了進一步解決這個問題，所有的比較顯微鏡都裝置了一套倒轉棱鏡，巧妙的使其形成的倒立像再次倒轉成一個正立像。當然，這種像的倒轉是不適宜用于一般光學顯微鏡的，而且可能會導致光能的損失和成像質量的降低。
同時，這種顯微鏡適用于用不同染色方法染色的相同材料的顯微切片的系統比較，以便更好地發現組織或細胞中的特殊結構或特異變化。