石墨爐原子吸收分光光度法和火焰原子吸收分光光度法都能檢測樣品中各元素的存在。

利用兩種方法，幾乎所有的元素都能測，如：Cu,Zn,Fe,Na,Mg,Cr,K,Ca等，不過檢出限不同而已。

相對來說，石墨爐原子吸收分光光度法更是比火焰原子吸收分光光度法有著更多的優點。

，效率高：石墨爐的原子化效率接近99%，而火焰法的原子化效率只有1%左右。
第二，靈敏度高：用石墨爐進行原子化時，基態原子在吸收區內的停留時間較長。

相反，火焰原子吸收分光光度法也有著自身的優勢。

火焰原子吸收分光光度法測定的元素比石墨爐原子吸收分光光度法多，進樣量也比石墨爐大，分析速度大大提高。

就靈敏度方面，火焰原吸的檢測是PPM級，石墨爐則是PPB級。有很多元素是火焰檢測器原吸檢測不出來的。
 

另外，石墨爐原子化程度高，可以測定固體及粘稠試樣。

總結：

火焰原子化法的優點是：火焰原子化法的操作簡便，重現性好，有效光程大，對大多數元素有較高靈敏度，因此應用廣泛。

缺點是：原子化效率低，靈敏度不夠高，而且一般不能直接分析固體樣品。　　

石墨爐原子化器的優點是：原子化效率高，在可調的高溫下試樣利用率 達99%，靈敏度高，試樣用量少，適用于難熔元素的測定。

缺點是：試樣組成不均勻性的影響較大，測定精密度較低，共存化合物的干擾比火焰原子化法大，干擾背景比較嚴重，一般都需要校正背景。