顯微鏡是精密的光學儀器，它的機械裝置如使用不當會損壞，為了充分發揮顯微鏡的性能，避免發生故障，延長使用期限，除嚴格按照操作步驟進行外，還應注意下列幾點：
- 顯微鏡如有不靈活之處，切不可用力扭動，也不能用力拆卸，可告訴有關人員進行處理；
- 注意防潮：在觀察時，顯微鏡上的水珠要及時擦干，用完后應放干燥處保存。鏡盒內有一袋藍綠色硅膠干燥劑，當其吸水潮解后變為粉紅色，此時應將其取晾干，待變成藍綠色后用；
- 搬動顯微鏡時必須用雙手，一手緊握鏡臂，一手拖住鏡座，不能隨便拿放，以免造成損失；
- 標本一定要加水（或試劑）和蓋玻片然后觀察，必要時可不加蓋片，但這種標本只能在低倍鏡下觀察，這樣水或試劑就不會污染鏡頭；
- 使用后須拭擦干凈，將鏡頭偏于兩旁，下降鏡筒，然后放在木箱里，顯微鏡上的光學部分用藥棉蒸餾水或擦鏡紙輕輕拭擦，以免損傷透鏡若模糊不清時，可用藥棉或擦鏡紙調少許二甲苯拭擦，然后再擦去多余種二甲苯，若使用二甲苯過多，會造成透鏡脫落鏡頭報廢；
- 盡量避免潮濕和灰塵，否則就會影響鏡頭的清晰度，如果發現有灰塵．機械部分可用絨布或紗布擦去，光學部分按5方法處理；
