從色譜原理上分類，離子色譜是液相色譜的一種，但由于離子色譜與普通高效液相色譜在結構和分析對象上有一些差異，一般作為均獨立的一個色譜大類。離子色譜與高效液相色譜的差別主要從兩個方面看，即儀器結構和應用范圍。
1)在儀器結構方面離子色譜和高效液相色譜均有溶劑輸送系統、進樣系統、檢測系統和信號記錄和處理系統，但由于離子色譜和高效液相色譜所用的流動相不同，檢測方式不同及信號處理的要求不同，在各部件上有一些差別。具體如下
A、離子色譜一般采用酸、堿及鹽的水溶液作為流動相，因此通常離子色譜采用非金屬材料作為整個系統材料，一般采用Peek塑料作為泵體、流路和閥體等要求耐高壓的部分，而聚四氟乙烯材料作為檢測器，外接管路等，要求系統可以耐酸、耐堿，但一般情況下全塑的材料由于加工和強度方面的差異，耐壓強度和精度上比金屬材料要略低一些。而高效液相色譜由于一般采用有機溶劑作淋洗液，因此多數還是采用金屬泵體，可以耐任何類型的有機溶劑，但對于酸或堿的溶劑，使用易產生腐蝕現象。而隨著高效液相色譜在生物領域的廣泛應用，金屬對一些生物活性化合有一定的吸附作用，一些在生物方面應用高效液相色譜也廣泛采用了Peek材料作為泵體、流路和閥，使離子色譜和高效液相色譜具有了一定的通用性。
B、前述已經提到離子色譜又分為抑制型和非抑制型，而目前被廣泛應用抑制型離子色譜，采用了抑制器，而普通高效液相色譜沒有類似裝置。抑制器的結構上與高效液相色譜的柱后衍生系統相似，但是抑制型離子色譜組件之一。非抑制型離子色譜不用抑制器，與高效液相色譜十分相似，一些非抑制型離子色譜基本上就是采用高效液相色譜的泵、流路和進樣閥。
C、離子色譜與高效液相色譜另一差異就是檢測器，一般情況下高效液相色譜采用紫外-可見光度檢測器；而離子色譜通用的是電導檢測器。
