高壓是離子色譜儀的重要部件，它將流動相輸入到分離系統，使樣品在柱系統中完成分離過程。目前離子色譜應用較多的是往復柱塞泵，由于往復柱塞泵的柱塞往復運動頻率較高，所以對密封環的耐磨性及單向閥的剛性和精度要求都很高。密封環一般采用聚四氟乙烯添加劑材料制造，單向閥的球、閥座及柱塞則用人造寶石材料。
往復泵有單柱塞、雙柱塞。一般來說，雙柱塞流量更平穩，脈動小，但構造復雜，價格也比較高。
1.單柱塞泵
這種泵的壓力和流量波動大。采取一些必要的措施如增加阻尼器，對凸輪形狀作特別設計以及利用*的電子技術也可獲得滿意的結果。早期的離子色譜和一些簡易型離子色譜儀常采用單柱塞泵系統。
2.雙柱塞泵
雙柱塞泵即兩個泵頭并聯使用，凸輪相差180°，使壓力和流量波動減少。因此這種雙柱塞泵可以不加阻尼器直接進入分離系統，可以進行低壓梯度淋洗。如今大多數離子色譜儀均已經采用雙柱塞泵。
目前，新型的微孔型離子色譜儀，由于其采用的色譜柱為2mm內徑，為常規的4mm內徑的色譜柱橫截面的1／4，因此在線速度不變的條件下，其流速為常規色譜的1／4，因此它采用的泵的流速為0.01～2.50 ml／min。其主要特點是柱塞比較小，但結構與常規的離子色譜儀相似。由于流速的減小，可以大大減少溶劑的用量。如以同樣的量進樣，靈敏度可以增大到原來的4倍。
