雨水滲透系統流程一般比較簡單，主要包括截污或預處理措施、滲透設施和溢流設施。雨水滲透設施可以是一種或者多種的組合。雨水滲透方案的選擇與規模確定主要根據工程項目的具體要求和現場條件。

根據雨水滲透目的的不同，大致可分為三種情況：
    一是以控制初期徑流污染為主要目的；
    二是為減少雨水的流失，減小徑流系數，增加雨水的下滲，但沒有調蓄利用雨水量和控制峰值流量的嚴格要求；
    三則是以調蓄利用（補充地下水）或控制峰值流量為主要目標，要求達到一定的設計標準；
　 這三種情況下設計雨水滲透系統會有很大的不同。對種情況，主要是利用匯水面或水體附近的植被，設計植被淺溝、植被緩沖帶或低勢綠地，吸收凈化雨水徑流中的污染物，保證溢流和排水的通暢，一般不需要進行特別的水力和調蓄計算，對土質要求也較低；第二種情況有些類似，也是盡可能利用綠地或多采用透水性地面，對土壤的雨水滲透性有一定的要求，但對雨水滲透設施規模沒有嚴格要求，或進行適當的調蓄和水力計算，保證溢流和排水的通暢；第三種情況則不同，首先根據暴雨設計標準確定需要調蓄的徑流量或削減的峰值流量，確定當地土壤的滲透系數并符合設計要求，根據現場條件選擇一種或多種適合的雨水滲透設施，通過水力計算確定雨水滲透設施的規模（滲透面積、長度、調蓄容量等），以實現調蓄利用和抑制峰流量的目標，同樣也需要考慮超過設計標準的雨水徑流的溢流排放。
　　在城市住宅區、公園等區域內設計雨水滲透系統一般采用多種雨水滲透設施的組合方式。