頂空進樣器由于操縱氣體，取樣技術也有所不同。如果不定量或者僅僅以限定樣品作為對象，用通常的液體進樣注射器就行了，氣密性注射器也可以，但是可以想像要除掉濃縮成分或注射器氣密面出來的殘余成分并非很容易。由于此緣故，進行了代替注射器的方法開發。
隨著研究院、檢測機構、學校教學實驗室的不斷增加，其故障檢測設備會影響研發和分析數據的準確性。頂空進樣器的故障原因判定：
1、儀器出現故障時間，使用條件是否和儀器正常時一致（是否修改參數、更換隔墊等），如果一致可排除傳輸進樣針堵塞，此時可以先確定閥循環設定時間是否正確；
2、如果更換過進樣口隔墊，重點確認下進樣針是否堵塞；
3、如果更換過GC毛細柱或操作流量，請確認載氣壓力調節的是否合適；
4、如果操作條件和以前保持一致，但無峰，直接GC進樣確認GC是否正常；如果GC正常但連接頂空不出峰，頂空進入手動測試模式，確認電磁閥、六通閥等是否工作正常；
5、如果手動模式都正常，則通過做樣觀察否有堵塞現象：連接出口到水容器里，做樣時沒有泡或出泡緩慢等表示有堵塞，則需依次確認取樣針、定量環、六通閥、排空閥等是否有堵塞。
