氨基酸分析儀按其分離和檢測方法的不同可分為兩大類型。
一類是基于陽離子交換柱分離、柱后茚三酮衍生光度法測定的經典方法(IEC)。此類方法于1972年獲諾貝爾獎，是當今國際標準和國家標準以及仲裁和涉外的方法。
另外一類是所有基于反相色譜分離、柱前衍生、熒光或紫外檢測的高效液相法(HPLC)以及陰離子交換分離直接安培法檢測的離子色譜法(IC)。
全自動氨基酸分析儀主要應用:各種物質中18種氨基酸的定性定量分析。
1.飼料上的應用：
質量控制：各種飼料必需氨基酸的含量和它們之間的比例必須恰當，測定原料和產品中的氨基酸含量，以達到保證質量的目的。
真偽鑒別：魚粉氨基酸組成特點是賴氨酸、蛋氨酸含量高，氨基酸分析結果很容易就可以區別它的真偽。
2.農業、食品、飲料及玉米、大豆、小麥等農作物的氨基酸含量進行檢測；對果汁、飲料進行真偽的鑒別；檢驗測定茶氨酸來鑒別真偽茶葉；對醬油級別的認定。
