東深供水工程位于中國廣東省東莞市和深圳市境內，工程水源取自東江。

東深供水工程是一項主要對香港，同時對深圳及工程沿線東莞城鎮提供飲用水及農田灌溉用水的跨流域大型調水、凈水工程。輸水工程全長83km，取水口設在東莞市橋頭鎮珠江水系東江右岸。經過太圓泵站提水后，由人工渠道引至司馬泵站，再由人工渠道引至石馬河及雁田水河;沿河逆向布置旗嶺、馬灘、塘廈、竹塘和沙嶺5級攔河閘壩，并在馬灘、塘廈、竹塘和沙嶺閘壩附近設置4級泵站，使水流逆向沿石馬河及雁田水河4級提升，經6km雁田隧道及生物預處理工程后進人深圳水庫。最后，由深圳水庫左副壩放水，經4臺裝機1600KW水電站及壓力鋼管送人香港。

生物預處理工程又稱生物硝化工程，位于輸水工程末端深圳水庫庫尾，是東深供水工程的重要組成部分，于1998年12月建成投產。其作用是去除原水中以氨氮為主的多種污染物，為香港、深圳輸送優質原水。該工程設計處理水量為400萬m³/d，是20世紀末大的原水預處理工程。該工程主體部分生物接觸氧化池由6個有效長270m、寬 25m、深3.8m的過水池組成，每個水池中布置20個長12m、寬25m、高3m的填料方陣，采用彈性立體填料，池底布有穿孔管曝氣裝置，由6臺風量為555.6m³/min鼓風機供氣。在預處理池的右側建有泄洪閘。生物預處理的水力停留時間為55.4min，填料接觸時間為39.3min，氣水比為1:1，當進水氨氮不大于2mg/L時，其去除率不小于75%，處理，并增加了深圳水庫水體的溶解氧，從而提高了水庫的自凈能力，使供香港水質氨氮低于0.5mg/L。同時生物預處理對色度、非離子氨、耗氧量、五日生化需氧量、總氮、鐵、錳、鉛、鋅和藻類等多項水質指標均有不同程度的改善。

東深供水工程改變了香港地區長期淡水、優質原水嚴重缺乏的困境。該工程供水量占香港總用水量的80%左右，成為香港地區穩定和繁榮的一個重要因素，對深圳特區及東江一深圳沿線地區經濟的快速發展也起著極其重要的作用。

輸水工程于1965年3月建成投產，年設計供水量為0.68億m³。隨著香港及沿線城鎮社會經濟的發展，需水量不斷增加。應香港政府要求，該工程在20世紀70年代、80 年代和90年代進行了3次擴建，年設計供水量增加到17. 43億m³，其中對香港年設計供水量為11.00億m³，對深圳年設計供水量為4.93億m³。2000年8月該工程開始進行大規模的改造，內容包括建設專用輸水系統、實現清污分流;新建和改建蓮湖、旗嶺、金湖泵站3座，各安裝全調節抽芯式混流泵組8臺，其中2臺泵組備用;新建隧道6條，總長 12900m，新建渡槽4座，總長5811m，新建專用輸水涵管20218m，改建人工明渠9301m 等。工程建成后，年供水量增加至24.23 億m³。