顯微鏡是細菌檢測實驗的儀器。常用的光學顯微鏡，有單目或雙目的類型。其機械和光學兩部分。機械部分主要包括：鏡筒、載物臺、準焦螺旋，光學部分主要包括：接目鏡、接物鏡、集光器、反光鏡。

　　(1) 光學系統的安裝 安裝光學系統時應先插入目鏡，再旋人物鏡，其順序不得顛倒。然后再裝聚光鏡和反射鏡。安裝物鏡必須按順時針方向進行。要先安低倍鏡，再安高倍鏡，最后裝油鏡。

　　(2) 水質監測中光軸的調整：

　　1) 調整集光器支架兩邊的光軸校正螺絲，使之合軸。

　　2) 某些顯微鏡的集光器是由框架上三個相隔120°角的螺絲支持的，其中一個裝有彈簧，可以伸縮，其余兩個可以旋轉。調整這三個螺絲，可使聚光器在水平面上移動位置，從而使之合軸。

　　顯微鏡的光軸一次校好后，無特殊情況時不必經常校正。

　　(3) 水質監測中顯微鏡的調焦

　　顯微鏡分辨被檢物體微細結構的能力，主要由物鏡決定。因此， 必須嚴格掌握物鏡的正確調焦。

　　先俯身側視，用粗準焦螺旋(粗調螺旋)降下鏡筒，使低倍鏡的前透鏡與載玻片之間的距離略小于該物鏡的工作距離(約5mm)。然后，從目鏡中觀察視野，同時旋動粗準焦螺旋使鏡筒緩慢地上升(注意，此時鏡筒只許上升，不得下降)，待初見物象，即改用細準焦螺旋(微調螺旋)調至物象最清晰為度。從低倍鏡換用高倍鏡時，如系原配物鏡系統，所用載玻片及蓋玻片也符合標準(其厚度，前者為1.0-1.1mm,后者不超過 0.15mm)，便可直接將高倍鏡旋入光軸，再用細準焦螺旋稍加調節即可。否則，應將鏡筒升高，轉換高倍鏡，然后按上述步驟重新調焦。