RTO裝置在運行過程中，必須落實好相關安全措施，方能保證裝置安全運行。
1.嚴格控制RTO裝置燃燒爐入口處理廢氣濃度和流速，保證相對平穩、安全運行，可通過設置緩沖罐、調整風量等預處理設施。
2.ＲTO 裝置使用過程中涉及到的承包商管理，嚴格按照《國家安全監管總局關于加強化工過程安全管理的指導意見》（安監總管三〔2013〕88號）第九條“承包商管理”要求進行管理。
3.ＲTO 裝置使用過程中涉及動火作業、受限空間作業等特殊作業，嚴格按照《危險化學品企業特殊作業安全規范》（GB 30871-2014）要求進行作業。
4.ＲTO 裝置使用過程中，不間斷做好員工操作、應急等方面安全培訓，提高員工安全操作技能。
5.RTO裝置是一項人機高度結合的設備，雖然其自動化程度較高，但必須安排專人進行維護與管理。如：RTO焚燒爐在發生爆炸前，有機物濃度常會在短時間內迅速升高，此時系統若有人值守，則可提前發出預警并采取必要的措施，避免事故的發生。
6.生產過程中，變更物料，產生新的廢氣的，必須按照變更管理要求開展風險分析。
