蛋白純化系統為蛋白等生物樣品的純化制備而專門設計，高性能不僅耐受高壓，而且在低溫低壓下具有良好的穩定性，為低壓色譜柱提供安全保證；采用DAD檢測器，可方便實時監測分離組分的純度。另外，SCG配備酸度/電導檢測器可即時監測分離時的梯度環境。
現今的蛋白純化系統還沒有達到十全十美的狀態，還存在著一定的缺憾：
增加外源蛋白的可溶性；
可在不同的宿主中表達，適用范圍廣；
可用不同的蛋白酶可以方便去除；
很好保留了蛋白的抗原性和生物活性，提高外原蛋白的穩定性；
高特異性，純化方便且溫和；
分子量較大，可能會影響蛋白質的功能和下游實驗；
如果蛋白不可溶，很難用變性的方法純化。
蛋白純化系統純化方法的選擇
對于具有特殊性質的蛋白，可以利用特殊的方法對其進行純化，下面就一些蛋白的特殊性質及純化方法做一介紹。
可逆性締合：在某些溶液條件下，有一些酶能聚合成二聚體、四聚體等，而在另一種條件下則形成單體，如相繼在這兩種不同的條件下按大小就可以進行分級分離。
熱穩定性：大多數蛋白質加熱到95℃時會解折疊或沉淀，利用這一性質，可容易地將一種經這樣加熱后仍保持其可溶性活性的蛋白質從大部分其它細胞蛋白質中分離開。
蛋白酶解穩定性：用蛋白酶處理上清液消化雜蛋白，可以純化得到具有蛋白酶解抗性的蛋白質。
溶解度：影響蛋白質溶解度的外界因素很多，如溶液的pH、離子強度、介電常數和溫度等。在特定的外界條件下，不同的蛋白質具有不同的溶解度。適當改變外界條件，控制蛋白質混合物中某一成分的溶解度從而將其從溶液中析出。
