金相顯微鏡的操作使用流程：
(1)將金相顯微鏡光源插頭接上電源變壓器，然后將變壓器接上戶內220V電源即可使用。照明系統在出廠前已經經過校正。
(2)每次更換燈泡時，必須將燈座反復調校。燈泡插上燈座后，在孔徑光欄上面放上濾色玻璃，然后將燈座轉動及前后調節，以使光源均勻明亮地照射于濾色玻璃上，這樣，燈泡已調節正確，這時則將燈座的偏心環轉動一個角度，以便將燈座緊固于底盤內。燈座及偏心環上有紅點樗，如卸出時，只要將紅點相對即可。
(3)金相顯微鏡觀察前原則上要裝上各個物鏡。在裝上或除下物鏡時，須把載物臺升起，以免碰觸透鏡。如選用某種放大倍率，可參照總倍率表來選擇目鏡和物鏡。
(4)試樣放上載物臺時，使被觀察表面復置在載物臺當中，如果是小試樣，可用彈簧壓片把它壓緊。
(5)使用金相顯微鏡低倍物鏡觀察調焦時，注意避免鏡頭與試樣撞擊,可從側面注視接物鏡,將載物臺盡量下移，直至鏡頭幾乎與試樣接觸(但切不可接觸)，再從目鏡中觀察。此時應先用粗調節手輪調節至初見物像，再改用細調節手輪調節至物像十分清楚為止。切不可用力過猛，以免損壞鏡頭，影響物像觀察。當使用高倍物鏡觀察，或使用油浸系物鏡時，必須先注意極限標線，務必使支架上的標線保持在齒輪箱外面二標線的中間，使微動留有適當的升降余量。當轉動粗動手輪時，要小心地將載物臺緩緩下降，當目鏡視野里剛出現了物像輪廓后，立即改用微動手輪作正確調焦至物像清晰為止。
(6)使用金相顯微鏡油浸系物鏡前，將載物臺升起，用一支光滑潔凈小棒蘸上一滴杉木油，滴在物鏡的前透鏡上，這時要避免小棒碰壓透鏡及不宜滴上過多的油，否則會弄傷或弄臟透鏡。
(7)為配合各種不同數值孔徑的物鏡，設置了大小可調的孔徑光欄和視場光欄，其目的是為了獲得良好的物像和顯微攝影襯度。當使用某一數值孔徑的物鏡時，先對試樣正確調焦，之后，可調節視場光欄，這時從金相顯微鏡目鏡視場里看到了視野逐漸遮蔽，然后再緩緩調節使光欄孔張開，至遮蔽部分恰到視場出現時為止，它的作用是把試樣的視野范圍之外的光源遮去，以消除表面反射的漫射散光。為配合使用不同的物鏡和適應不同類型試樣的亮度要求設置了大小可調的孔徑光欄。轉動孔徑光欄套圈，使物像達到清晰明亮，輪廓分明。在光欄上刻有分度，表示孔徑尺寸。
