長期的應用和發展使得沸騰干燥機不論在結構或者性能方面都有很大改進，它的質量和要求也不斷的提高，但即使有很多方面得到了認可，沸騰干燥機還是存在著很多問題要予以改進，比如說對進風空氣的處理。
在沸騰干燥機中，熱空氣的采風口一般設置在輔機房中，與加熱裝置、消音器等輔助設備安裝在一起。由于輔機房的空氣凈化級別往往比較低，對熱空氣有一定的影響，這就必須對設備本身要求有比較好的凈化裝置，否則沒有被凈化的空氣會對物料產生污染，使得生產質量難以達到GMP標準的要求。
當前，國內市場上出現的大多采用的是初效過濾器-中效過濾器-蒸汽加熱或電加熱-高效過濾器的模式作為空氣處理單元的配置。這種方式隨著運行時間的不斷增加，過濾器會產生堵塞或者破壞現象；但如果提早更換的話就會增加成本，推遲更換又會帶來空氣質量下降的風險，從而影響生產質量。
正是因為如此，才要求優化沸騰干燥機空氣處理單元的配置，盡可能的減少故障的發生，保持良好的空氣質量，使得沸騰干燥機能夠正常穩定工作，并使得生產質量能夠達標。
