研發費用不僅影響到企業的財務數據，更可以從研發費的考核中看到企業的真實的研發能力，下面主要從以下幾個方面講解研發費用的核算。
技術部門的工作重點：1、設立研究開發項目，研究開發項目的確定著眼于企業的長期發展計劃，并結合企業近幾年的研發項目和將要進行研發項目，以及企業的知識產權、產品等考慮，同時必須考慮相關的成果轉化。2、完善項目的研發文件，企業進行的每個項目應有相關立項文件，包括項目立項報告、申請書、可行性研究報告等。財務部門的工作重點。1、財務部門應嚴格按照財務核算體系執行，根據企業發展需要，隨時更新，保證符合的認定的要求。實施研發部門財務監督，實現項目單核算，定期整理、測算。如：研發費用中人員費用的歸集；產品（服務）開具的與產品一致性、真實性等。2、研究開發費用的歸集與核算是一項基礎性工作，它不僅關系到高新認定通過，還涉及計算企業所得稅研發費用的加計扣除問題，對企業的利益有很大的影響。3、在日常核算中，企業可考慮在“管理費用"明細賬下設“研發費用"明細賬，按各“研發項目"歸集核算“內部研究開發投入"和“委托外部研究開發投入"。如上所歸集的全部研發費用就在一本賬上反映，把在準備申請認定材料時要做的工作，當成日常事務給做了。既可以便于申請認定時注冊的審計核對，也有利于計算應納稅所得額時研發費用的加計扣除，主管稅務機關審核起來也方便。人事部門的工作重點，設立的科技、研發人員名冊，并簽訂勞動合同，繳納社會。在支付科研人員人工費時，要考慮與個稅申報相一致。提供企業對研發部門研發人員成果的績效考核制度，更大激勵研發人員研發積性。人事部門應及時將情況告知財務部門，便于財務部門進行項目核算。保存企業科技人才、研發人員相關材料，如：人員的勞動合同 等。部門之間的工作銜接，企業認定不是企業單一部門的工作，而是需要企業各個部門合作才能完成。在日常工作中，企業需要設立一套完善的制度對部門業務做出規定。制定企業發展戰略規劃對經營領域進行長期安排、確立知識產權規劃，確保企業未來三年持續獲得有效知識產權、確立研發部門及組織管理制度規范體系，完善研發生產管理、對科研人員及研發人員管理進行系統安排、建立科學的用工機制，確保人員比例達標、對研發項目進行合理規劃，確立研發整體制度、健全研發費用核算體系，確保研發費用達標、及時準備園區、科技、稅務部門要求的材料，并杜絕自相矛盾。
設計費用 ：審計難點 設計費用，是指為新產品和新工藝的構思、開發和制造，進行工序、技術規范、操作特性方面的設計等發生的費用。部分申報企業由于設立的研究開發機構較簡單、研究開發人員力量薄弱，經常會將一些新產品或新工藝的設計外包，且不少企業并未與外包單位簽訂相應的合同，或者簽訂的合同還包括了申報研究開發項目以外的其他項目的設計費用。從而較難確定設計費用的合理性，且外包性質的設計費用容易與委托外部研究開發費用混淆。應對措施 ：a.重點檢查管理費用明細賬－研究開發費用明細科目，檢查設計費用支出的、付款申請審批單據，確認設計費用發生的合理性、真實性及準確性。 b.對于外包設計費，應重點檢查合同、協議、付款憑證、，并分析合同、協議的實質性內容，判斷是否屬于為新產品、新工藝的開發進行的技術規范和操作方面的設計而發生的費用；若合同或協議實質表明，外包內容系委托外部開發機構進行實質性改進技術、產品和服務活動，且與企業的主要經營業務緊密相關，則應歸屬于委托外部研究費用，應要求被審計單位據實調整并列報。 c.注冊應走訪被審計單位的設計、研究開發部門，或向外包單位進行函證確認，以正確區分外包設計費和外包研究開發費，必要時，應考慮利用工作。
研發費用直接投入核算核算難點 《工作指引》中較明確規定了直接投入的開支范圍，但企業實際發生的研發費中的材料費品種繁多，部分領料單上亦未寫明具體用于什么研究開發項目，直接投入的認定和分配缺乏可靠的依據。 此外，很多申報企業特別是中小型企業以前年度并沒有立設置研發費用科目，發生的研發費分別記載于不同的會計科目，如實驗車間成本、管理費用、其他業務支出、在建工程、專項應付款等，而不同會計科目之間又不存在對申報明細表而言的勾稽關系。因此，申報企業將非研發材料成本計入研發直接投入中的人為操作空間很大。應對措施a.總量領用的合理性判斷； b.研究開發材料領用的月均波動情況是否合理； c.領用材料與研究開發項目的相關性判斷，必要時可以考慮利用外部工作。如：聘請行業，對研究開發項目有關直接投入的品種、數量、質量等因素的合理性、相關性進行評價； d.重點對研究開發材料所形成的實物成果進行盤點及殘次品的銷售進行綜合判斷。如：電纜生產企業研究開發項目領用的銅等重要材料，在考慮殘次品銷售的前提下，需要對期末實物庫存的合理性進行判斷。
研發人員的統計統計的難點a.部分申報企業特別是中小型企業的管理層，在對整個企業的生產、經營進行管理的同時，往往也參與研究開發工作，如何將其薪酬計入研究開發活動沒有明確規定。b.有些研究開發項目的研究開發活動涉及多個部門，甚至多個企業，在這種情況下人員人工的歸集和分配也比較困難。c.有不少申報企業為了達到增加研究開發費用總額的目的，將研究開發項目立項書中未列示的管理人員（包括）、生產人員的薪酬計入研究開發人員人工。 應對措施a.重點檢查應付工資、管理費用明細賬，全年各月份工資表，全年個人所得稅申報表，勞動合同、教育背景（必要時通過檢查明，以確定研發人員是否具備相關背景）、工作經驗和參加社會等資料，結合研究開發部門人員名單，確定研發人員的工用是否真實，計算是否準確。 b.對受雇的研發人員，需取得累計實際工作時間在183天以上的證據。 c.對企業存在多個研究開發項目的，按實際參與的項目進行歸集。若研發人員同時參與兩個或兩個以上項目，應按統計的工作量進行分攤。如申報企業因不能準確地對工作量進行統計而常采用其他方法進行分攤，應檢查其分攤的合理性。
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