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固定資產折舊與長期待攤費用難點 固定資產折舊與長期待攤費用攤銷，是指為開展研究開發活動購置的儀器和設備以及研究開發項目在用建筑物的折舊費用，包括研究開發設施改建、改裝、裝修和修理過程中發生的長期待攤費用。應對措施 a.重點檢查固定資產明細賬、長期待攤費用明細賬；檢查申報企業年度新增固定資產及長期待攤費用的、固定資產的申購單、入庫單、驗收單；實地查看該部分設備，核對資產用途（檢查使用說明書等），確定其是否真實存在，是否用于研究開發項目。 b.結合固定資產盤點，核對與研究開發活動相關的固定資產是否賬實相符；檢查購入時已計入研究開發費用的固定資產，是否單管理，是否存在重復計提折舊的情況。 c.復核各項折舊、攤銷的準確性及相關性，關注前后各期折舊政策及方法的一致性d.對屬于多個項目使用的，檢查分攤方法是否合理，且前后各期是否保持一致，分攤的金額是否正確。
設計費用 ：審計難點 設計費用，是指為新產品和新工藝的構思、開發和制造，進行工序、技術規范、操作特性方面的設計等發生的費用。部分申報企業由于設立的研究開發機構較簡單、研究開發人員力量薄弱，經常會將一些新產品或新工藝的設計外包，且不少企業并未與外包單位簽訂相應的合同，或者簽訂的合同還包括了申報研究開發項目以外的其他項目的設計費用。從而較難確定設計費用的合理性，且外包性質的設計費用容易與委托外部研究開發費用混淆。應對措施 ：a.重點檢查管理費用明細賬－研究開發費用明細科目，檢查設計費用支出的、付款申請審批單據，確認設計費用發生的合理性、真實性及準確性。 b.對于外包設計費，應重點檢查合同、協議、付款憑證、，并分析合同、協議的實質性內容，判斷是否屬于為新產品、新工藝的開發進行的技術規范和操作方面的設計而發生的費用；若合同或協議實質表明，外包內容系委托外部開發機構進行實質性改進技術、產品和服務活動，且與企業的主要經營業務緊密相關，則應歸屬于委托外部研究費用，應要求被審計單位據實調整并列報。 c.注冊應走訪被審計單位的設計、研究開發部門，或向外包單位進行函證確認，以正確區分外包設計費和外包研究開發費，必要時，應考慮利用工作。
研發人員的統計統計的難點a.部分申報企業特別是中小型企業的管理層，在對整個企業的生產、經營進行管理的同時，往往也參與研究開發工作，如何將其薪酬計入研究開發活動沒有明確規定。b.有些研究開發項目的研究開發活動涉及多個部門，甚至多個企業，在這種情況下人員人工的歸集和分配也比較困難。c.有不少申報企業為了達到增加研究開發費用總額的目的，將研究開發項目立項書中未列示的管理人員（包括）、生產人員的薪酬計入研究開發人員人工。 應對措施a.重點檢查應付工資、管理費用明細賬，全年各月份工資表，全年個人所得稅申報表，勞動合同、教育背景（必要時通過檢查明，以確定研發人員是否具備相關背景）、工作經驗和參加社會等資料，結合研究開發部門人員名單，確定研發人員的工用是否真實，計算是否準確。 b.對受雇的研發人員，需取得累計實際工作時間在183天以上的證據。 c.對企業存在多個研究開發項目的，按實際參與的項目進行歸集。若研發人員同時參與兩個或兩個以上項目，應按統計的工作量進行分攤。如申報企業因不能準確地對工作量進行統計而常采用其他方法進行分攤，應檢查其分攤的合理性。
委托外部研究開發費用：難點 委托外部研究開發費用，是指企業委托境內其他企業、大學、研究機構、轉制院所、技術服務機構和機構進行研究開發活動所發生的費用，項目成果為企業擁有，且與企業的主要經營業務緊密相關。中小型申報企業由于設立的研究開發機構力量薄弱，一般會與研究院、高校等科研機構合作開展研究開發活動，與其簽訂相應的委托開發合同或合作協議。應對措施 ：a.重點檢查管理費用明細賬、與委托外部研究開發費用相關的明細賬，委托外部研究開發費用的合同或協議 付款憑證；針對研究開發項目工作內容、協議條款、協議金額等向受托方進行函證，確認其發生的真實性及金額的準確性；關注并確認是否為關聯，如果為關聯，發生金額應按照立原則確定。 b.復算檢查委托外部研究開發費用，是否按照委托外部研究開發費用發生額的80％計入研究開發費用總額。 其他費用：難點 其他費用與研究開發項目相關性、真實性、完整性的認定，存在較大錯報風險。應對措施 a.重點檢查管理費用明細賬、費用分攤表，確認費用支出與研究開發項目的相關性及費用分攤的合理性。 b.關注如辦公費、通訊費、申請維護費、研究開發費等其他費用，是否屬于為研究開發活動所發生的，是否存在列入與研究開發項目無關的其他費用的情形。 c.檢查相關費用的核準和支付是否符合企業內部管理的規定，是否與原始憑證相符。 d.復算檢查列報的其他費用是否超過研究開發費用總額的10%。 復核研究開發費用總額占銷售收入總額的比例 ：難點 《企業認定管理辦法》規定，企業認定必須滿足近三個會計年度研究開發費用總額占銷售收入總額的一定比例。因此，申報企業為了達到標準可能虛列研究開發費用，擴大研究開發費用總額。應對措施 ：a.獲取經具有企業認定資質的事務所審計的，近三個會計年度的審計報告和財務報表。 b.復算加計近三個會計年度的銷售收入總額。《企業認定申請書》填報說明表明，銷售收入是指產品收入和技術服務收入之和；復算加計近三個會計年度的研究開發費用總額。 c.復算研究開發費用總額占銷售收入總額的比例，與申報企業計算的結果核對是否一致；復算在中國境內發生的研究開發費用總額占全部研究開發費用總額的比例，與申報企業計算的結果核對是否一致。
由此中睿興小編提示：一：需要申報企業認定的企業需要建立一套完整的研發項目、研發費用、研發人員績效、知識產權以及成果轉化等管理制度體系。二，企業應組建的團隊負責高新資質的相關工作，充分了解和把握高新政策，積應對可能面臨的變化和挑戰。三：企業在準備高新申報材料的時候，要進行邏輯性與合理性的分析，做到真正意義上滿足認定條件，從而取得資質。
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