一：知識產(chǎn)權(quán)部門的工作重點。知識產(chǎn)權(quán)是企業(yè)認定的核心部分，沒有知識產(chǎn)權(quán)的企業(yè)無法申報企業(yè)認定，但企業(yè)也不能盲目準備。企業(yè)認定的知識產(chǎn)權(quán)是有特定的要求，跟法律上所指的知識產(chǎn)權(quán)是有區(qū)別的：1、知識產(chǎn)權(quán)的范圍：法律意義上知識產(chǎn)權(quán)有很多，如、商標、商號權(quán)、著作權(quán)等等，但企業(yè)認定的知識產(chǎn)權(quán)只有6項，即發(fā)明、實用新型、以及非簡單改變產(chǎn)品圖案和形狀的外觀設計、計算機軟件著作權(quán)。集成電路布圖設計權(quán)、植物新品種。2、知識產(chǎn)權(quán)的限制條件：時間限制，企業(yè)認定中的知識產(chǎn)權(quán)是企業(yè)申報年度的年取得的，但通過近年的操作經(jīng)驗來看某企業(yè)在申請高企認定當年獲得的知識產(chǎn)權(quán)也可以使用。 認定中要求的知識產(chǎn)權(quán)是企業(yè)的核心知識產(chǎn)權(quán)，需要跟企業(yè)的主管業(yè)務密切相關(guān)，是企業(yè)的核心收入來源。 企業(yè)認定中知識產(chǎn)權(quán)的取得方式有明確的的要求，必須是自主研發(fā)、受讓、受贈、并購等方式，或通過5年以上的占許可方式取得知識產(chǎn)權(quán)。
研發(fā)費用直接投入核算核算難點 《工作指引》中較明確規(guī)定了直接投入的開支范圍，但企業(yè)實際發(fā)生的研發(fā)費中的材料費品種繁多，部分領(lǐng)料單上亦未寫明具體用于什么研究開發(fā)項目，直接投入的認定和分配缺乏可靠的依據(jù)。 此外，很多申報企業(yè)特別是中小型企業(yè)以前年度并沒有立設置研發(fā)費用科目，發(fā)生的研發(fā)費分別記載于不同的會計科目，如實驗車間成本、管理費用、其他業(yè)務支出、在建工程、專項應付款等，而不同會計科目之間又不存在對申報明細表而言的勾稽關(guān)系。因此，申報企業(yè)將非研發(fā)材料成本計入研發(fā)直接投入中的人為操作空間很大。應對措施a.總量領(lǐng)用的合理性判斷； b.研究開發(fā)材料領(lǐng)用的月均波動情況是否合理； c.領(lǐng)用材料與研究開發(fā)項目的相關(guān)性判斷，必要時可以考慮利用外部工作。如：聘請行業(yè)，對研究開發(fā)項目有關(guān)直接投入的品種、數(shù)量、質(zhì)量等因素的合理性、相關(guān)性進行評價； d.重點對研究開發(fā)材料所形成的實物成果進行盤點及殘次品的銷售進行綜合判斷。如：電纜生產(chǎn)企業(yè)研究開發(fā)項目領(lǐng)用的銅等重要材料，在考慮殘次品銷售的前提下，需要對期末實物庫存的合理性進行判斷。
委托外部研究開發(fā)費用：難點 委托外部研究開發(fā)費用，是指企業(yè)委托境內(nèi)其他企業(yè)、大學、研究機構(gòu)、轉(zhuǎn)制院所、技術(shù)服務機構(gòu)和機構(gòu)進行研究開發(fā)活動所發(fā)生的費用，項目成果為企業(yè)擁有，且與企業(yè)的主要經(jīng)營業(yè)務緊密相關(guān)。中小型申報企業(yè)由于設立的研究開發(fā)機構(gòu)力量薄弱，一般會與研究院、高校等科研機構(gòu)合作開展研究開發(fā)活動，與其簽訂相應的委托開發(fā)合同或合作協(xié)議。應對措施 ：a.重點檢查管理費用明細賬、與委托外部研究開發(fā)費用相關(guān)的明細賬，委托外部研究開發(fā)費用的合同或協(xié)議 付款憑證；針對研究開發(fā)項目工作內(nèi)容、協(xié)議條款、協(xié)議金額等向受托方進行函證，確認其發(fā)生的真實性及金額的準確性；關(guān)注并確認是否為關(guān)聯(lián)，如果為關(guān)聯(lián)，發(fā)生金額應按照立原則確定。 b.復算檢查委托外部研究開發(fā)費用，是否按照委托外部研究開發(fā)費用發(fā)生額的80％計入研究開發(fā)費用總額。 其他費用：難點 其他費用與研究開發(fā)項目相關(guān)性、真實性、完整性的認定，存在較大錯報風險。應對措施 a.重點檢查管理費用明細賬、費用分攤表，確認費用支出與研究開發(fā)項目的相關(guān)性及費用分攤的合理性。 b.關(guān)注如辦公費、通訊費、申請維護費、研究開發(fā)費等其他費用，是否屬于為研究開發(fā)活動所發(fā)生的，是否存在列入與研究開發(fā)項目無關(guān)的其他費用的情形。 c.檢查相關(guān)費用的核準和支付是否符合企業(yè)內(nèi)部管理的規(guī)定，是否與原始憑證相符。 d.復算檢查列報的其他費用是否超過研究開發(fā)費用總額的10%。 復核研究開發(fā)費用總額占銷售收入總額的比例 ：難點 《企業(yè)認定管理辦法》規(guī)定，企業(yè)認定必須滿足近三個會計年度研究開發(fā)費用總額占銷售收入總額的一定比例。因此，申報企業(yè)為了達到標準可能虛列研究開發(fā)費用，擴大研究開發(fā)費用總額。應對措施 ：a.獲取經(jīng)具有企業(yè)認定資質(zhì)的事務所審計的，近三個會計年度的審計報告和財務報表。 b.復算加計近三個會計年度的銷售收入總額。《企業(yè)認定申請書》填報說明表明，銷售收入是指產(chǎn)品收入和技術(shù)服務收入之和；復算加計近三個會計年度的研究開發(fā)費用總額。 c.復算研究開發(fā)費用總額占銷售收入總額的比例，與申報企業(yè)計算的結(jié)果核對是否一致；復算在中國境內(nèi)發(fā)生的研究開發(fā)費用總額占全部研究開發(fā)費用總額的比例，與申報企業(yè)計算的結(jié)果核對是否一致。
研發(fā)人員的統(tǒng)計統(tǒng)計的難點a.部分申報企業(yè)特別是中小型企業(yè)的管理層，在對整個企業(yè)的生產(chǎn)、經(jīng)營進行管理的同時，往往也參與研究開發(fā)工作，如何將其薪酬計入研究開發(fā)活動沒有明確規(guī)定。b.有些研究開發(fā)項目的研究開發(fā)活動涉及多個部門，甚至多個企業(yè)，在這種情況下人員人工的歸集和分配也比較困難。c.有不少申報企業(yè)為了達到增加研究開發(fā)費用總額的目的，將研究開發(fā)項目立項書中未列示的管理人員（包括）、生產(chǎn)人員的薪酬計入研究開發(fā)人員人工。 應對措施a.重點檢查應付工資、管理費用明細賬，全年各月份工資表，全年個人所得稅申報表，勞動合同、教育背景（必要時通過檢查明，以確定研發(fā)人員是否具備相關(guān)背景）、工作經(jīng)驗和參加社會等資料，結(jié)合研究開發(fā)部門人員名單，確定研發(fā)人員的工用是否真實，計算是否準確。 b.對受雇的研發(fā)人員，需取得累計實際工作時間在183天以上的證據(jù)。 c.對企業(yè)存在多個研究開發(fā)項目的，按實際參與的項目進行歸集。若研發(fā)人員同時參與兩個或兩個以上項目，應按統(tǒng)計的工作量進行分攤。如申報企業(yè)因不能準確地對工作量進行統(tǒng)計而常采用其他方法進行分攤，應檢查其分攤的合理性。
設計費用 ：審計難點 設計費用，是指為新產(chǎn)品和新工藝的構(gòu)思、開發(fā)和制造，進行工序、技術(shù)規(guī)范、操作特性方面的設計等發(fā)生的費用。部分申報企業(yè)由于設立的研究開發(fā)機構(gòu)較簡單、研究開發(fā)人員力量薄弱，經(jīng)常會將一些新產(chǎn)品或新工藝的設計外包，且不少企業(yè)并未與外包單位簽訂相應的合同，或者簽訂的合同還包括了申報研究開發(fā)項目以外的其他項目的設計費用。從而較難確定設計費用的合理性，且外包性質(zhì)的設計費用容易與委托外部研究開發(fā)費用混淆。應對措施 ：a.重點檢查管理費用明細賬－研究開發(fā)費用明細科目，檢查設計費用支出的、付款申請審批單據(jù)，確認設計費用發(fā)生的合理性、真實性及準確性。 b.對于外包設計費，應重點檢查合同、協(xié)議、付款憑證、，并分析合同、協(xié)議的實質(zhì)性內(nèi)容，判斷是否屬于為新產(chǎn)品、新工藝的開發(fā)進行的技術(shù)規(guī)范和操作方面的設計而發(fā)生的費用；若合同或協(xié)議實質(zhì)表明，外包內(nèi)容系委托外部開發(fā)機構(gòu)進行實質(zhì)性改進技術(shù)、產(chǎn)品和服務活動，且與企業(yè)的主要經(jīng)營業(yè)務緊密相關(guān)，則應歸屬于委托外部研究費用，應要求被審計單位據(jù)實調(diào)整并列報。 c.注冊應走訪被審計單位的設計、研究開發(fā)部門，或向外包單位進行函證確認，以正確區(qū)分外包設計費和外包研究開發(fā)費，必要時，應考慮利用工作。
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