一：知識產權部門的工作重點。知識產權是企業認定的核心部分，沒有知識產權的企業無法申報企業認定，但企業也不能盲目準備。企業認定的知識產權是有特定的要求，跟法律上所指的知識產權是有區別的：1、知識產權的范圍：法律意義上知識產權有很多，如、商標、商號權、著作權等等，但企業認定的知識產權只有6項，即發明、實用新型、以及非簡單改變產品圖案和形狀的外觀設計、計算機軟件著作權。集成電路布圖設計權、植物新品種。2、知識產權的限制條件：時間限制，企業認定中的知識產權是企業申報年度的年取得的，但通過近年的操作經驗來看某企業在申請高企認定當年獲得的知識產權也可以使用。 認定中要求的知識產權是企業的核心知識產權，需要跟企業的主管業務密切相關，是企業的核心收入來源。 企業認定中知識產權的取得方式有明確的的要求，必須是自主研發、受讓、受贈、并購等方式，或通過5年以上的占許可方式取得知識產權。
研發人員的統計統計的難點a.部分申報企業特別是中小型企業的管理層，在對整個企業的生產、經營進行管理的同時，往往也參與研究開發工作，如何將其薪酬計入研究開發活動沒有明確規定。b.有些研究開發項目的研究開發活動涉及多個部門，甚至多個企業，在這種情況下人員人工的歸集和分配也比較困難。c.有不少申報企業為了達到增加研究開發費用總額的目的，將研究開發項目立項書中未列示的管理人員（包括）、生產人員的薪酬計入研究開發人員人工。 應對措施a.重點檢查應付工資、管理費用明細賬，全年各月份工資表，全年個人所得稅申報表，勞動合同、教育背景（必要時通過檢查明，以確定研發人員是否具備相關背景）、工作經驗和參加社會等資料，結合研究開發部門人員名單，確定研發人員的工用是否真實，計算是否準確。 b.對受雇的研發人員，需取得累計實際工作時間在183天以上的證據。 c.對企業存在多個研究開發項目的，按實際參與的項目進行歸集。若研發人員同時參與兩個或兩個以上項目，應按統計的工作量進行分攤。如申報企業因不能準確地對工作量進行統計而常采用其他方法進行分攤，應檢查其分攤的合理性。
企業在選擇機構時，往往會涉及到且是否具有國家資質這一話題。先來說，思睿晶是一家具有國家代理資質的正規代理機構。但至于企業認定是否資質，思睿晶為您詳說。一、企業認定的性質，企業認定這一工作屬于商業資訊的范疇，這一業務本身的開展是不需要有任何資質的。也就是說，企業認定機構，可以隨意開設，無需取得任何資質。二、代理資質。企業認定的過程，必然避不開代理事宜。而代理，是必須具備國家資質的。因為代理是一件性質嚴肅、要求嚴格、影響重大的工作。企業必須取得相關代理資質。就目前全國情況而言，全國共有代理機構四千多家，其中北京和廣東占據了一半。目前中國營業范圍中帶有知識產權服務的機構中，具有資質的企業，不足10%。
研發費用直接投入核算核算難點 《工作指引》中較明確規定了直接投入的開支范圍，但企業實際發生的研發費中的材料費品種繁多，部分領料單上亦未寫明具體用于什么研究開發項目，直接投入的認定和分配缺乏可靠的依據。 此外，很多申報企業特別是中小型企業以前年度并沒有立設置研發費用科目，發生的研發費分別記載于不同的會計科目，如實驗車間成本、管理費用、其他業務支出、在建工程、專項應付款等，而不同會計科目之間又不存在對申報明細表而言的勾稽關系。因此，申報企業將非研發材料成本計入研發直接投入中的人為操作空間很大。應對措施a.總量領用的合理性判斷； b.研究開發材料領用的月均波動情況是否合理； c.領用材料與研究開發項目的相關性判斷，必要時可以考慮利用外部工作。如：聘請行業，對研究開發項目有關直接投入的品種、數量、質量等因素的合理性、相關性進行評價； d.重點對研究開發材料所形成的實物成果進行盤點及殘次品的銷售進行綜合判斷。如：電纜生產企業研究開發項目領用的銅等重要材料，在考慮殘次品銷售的前提下，需要對期末實物庫存的合理性進行判斷。
設計費用 ：審計難點 設計費用，是指為新產品和新工藝的構思、開發和制造，進行工序、技術規范、操作特性方面的設計等發生的費用。部分申報企業由于設立的研究開發機構較簡單、研究開發人員力量薄弱，經常會將一些新產品或新工藝的設計外包，且不少企業并未與外包單位簽訂相應的合同，或者簽訂的合同還包括了申報研究開發項目以外的其他項目的設計費用。從而較難確定設計費用的合理性，且外包性質的設計費用容易與委托外部研究開發費用混淆。應對措施 ：a.重點檢查管理費用明細賬－研究開發費用明細科目，檢查設計費用支出的、付款申請審批單據，確認設計費用發生的合理性、真實性及準確性。 b.對于外包設計費，應重點檢查合同、協議、付款憑證、，并分析合同、協議的實質性內容，判斷是否屬于為新產品、新工藝的開發進行的技術規范和操作方面的設計而發生的費用；若合同或協議實質表明，外包內容系委托外部開發機構進行實質性改進技術、產品和服務活動，且與企業的主要經營業務緊密相關，則應歸屬于委托外部研究費用，應要求被審計單位據實調整并列報。 c.注冊應走訪被審計單位的設計、研究開發部門，或向外包單位進行函證確認，以正確區分外包設計費和外包研究開發費，必要時，應考慮利用工作。
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