1. 將裝入籠框內的產品送入殺菌釜內，關閉殺菌釜罐門，啟動殺菌程序；
2. 循環熱水（溫度比產品灌裝溫度高出一定數值的熱水，具體的熱水溫度數值根據產品的灌裝溫度來由客戶自己確定。值得一提的是，熱水溫度以不至于使進入殺菌釜內的產品包裝材料——玻璃瓶破裂為上限。殺菌初始進入殺菌釜內的循環水溫度越高，系統整體的節能效果就越顯著）從殺菌釜的頂部（利用熱水進入殺菌釜的這段時間使熱水與產品增加一部分熱交換，以期縮短升溫時間）進入殺菌釜內，達到一定的水位后停止進水，然后開始進行加熱升溫。
3. 計入殺菌釜內的熱水達到要求的水位后，開始循環，并通過板式換熱器利用蒸汽進行加熱。在升溫階段，殺菌釜內的壓力是隨著溫度的身高而逐步升高的，具體的壓力隨溫度變化的對應關系由今后生產中根據不同的產品進行測試后輸入殺菌釜的控制程序中進行自動控制。
4. 當殺菌釜內的循環水溫度達到設定的殺菌溫度后，開始進入殺菌保溫階段。在保溫階段殺菌釜內所需要的壓力、溫度的設定有客戶根據不同的產品殺菌工藝要求確定后輸入控制程序中加以自動控制。
5. 當達到殺菌保溫的時間后開始進行一段降溫。一段降溫時首先將冷卻水進入板式換熱器內對殺菌釜內
的循環水進行降溫，這部分冷卻水升溫后需要收集起來作為下次殺菌的循環熱水使用，所收集的熱水溫
度可以根據產品殺菌的工藝要求來確定，亦即一段降溫的結束溫度。
6. 當一段降溫結束后進入二段降溫。二段降溫采用冷卻塔水進行降溫。至此就可以看出采用板式換熱器的目的就是為了隔斷在降溫過程中冷卻塔水對已殺菌產品的污染。因為殺菌釜內的循環水是隨著產品一起升溫、降溫的，所以此時殺菌釜內的循環水只是溫度得以降低，但卻保持著與產品一樣的潔凈度（指細菌）。在降溫的過程中殺菌釜內的壓力將隨著殺菌釜內溫度的降低而按照設定的對應關系同步降低。
7. 當殺菌釜內的溫度降低到設定的溫度值后將殺菌釜內的循環水排出殺菌釜至冷卻塔或是儲水池內。殺菌釜結束殺菌運行。
8. 開啟殺菌釜罐門，將已經殺菌的產品從殺菌釜內取出，并再次裝入待殺菌的產品開始下一次的殺菌。本殺菌釜運行工藝流程的特點就是可以利用產品殺菌后的余熱來對循環熱水進行加熱。因為是玻璃瓶，為了防止冷卻塔水在降溫過程中通過瓶口的密封面進入玻璃瓶內，所以采用換熱器將殺菌釜內的循環水隨著產品一起進行降溫至產品出釜溫度。常規的殺菌釜都是將循環水單獨用蒸汽進行加熱，所以會增加客戶大量的能源成本。如果客戶需要的話，將殺菌釜殺菌后的余熱再利用。
殺菌鍋應用范圍：廣泛應用于肉類、蛋品、鮮玉米、花生、山野菜、豆制品、水產品、罐頭產品、包裝袋等食品及包裝的高溫殺菌。適用范圍廣，大中小型企業均能使用，并能滿足生產需要。
殺菌鍋分類：
1、按形式分：臥式殺菌鍋、立式殺菌鍋、回轉式殺菌鍋。
2、按加熱方式：蒸汽殺菌鍋、電加熱殺菌鍋、電汽兩用殺菌鍋。
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