養殖發酵床翻耙機好氧發酵是好氧微生物在好氧條件下通過自身的分解代謝和合成代謝過程，將一些有機物質分解和氧化為簡單的無機物質，以獲得微生物代謝所需的能量，同時將一些有機物轉化為新的細胞物質的過程，從而使微生物能夠生長和繁殖并產生更多的生物。發酵的結果是廢物中的有機物轉化為高度穩定的腐殖質。
2.微生物過程好氧發酵的微生物過程大致可分為三個階段，每個階段都有自己的微生物群：
3.加熱階段中溫階段、加熱階段在發酵的初始階段通常1-3天,堆肥堆中的嗜熱微生物使用可溶性和可生物降解的有機物質作為營養和能量的來源,快速繁殖并釋放熱能,從而使堆肥堆的溫度持續升高,在這個階段,當溫度在室溫和45℃之間時,微生物主要是中等和需氧的，通常是一些非孢子細菌。微生物種類很多，主要是細菌、真菌和放線菌。其中，細菌主要使用水溶性單糖，而放線菌和真菌具有分解纖維素和半纖維素的特殊功能。
3. 高溫階段當堆肥堆的溫度升至45℃以上時,它將進入高溫階段,一般情況下,發酵開始后2-3天內堆肥溫度可升至55℃，一周內堆料溫度可達到較高值（高溫可達80℃,嗜熱微生物受到抑制,并逐漸被嗜熱微生物所取代,除了前一階段剩余和新形成的可溶性有機物外,半纖維素、纖維素、蛋白質和其他復雜有機物也開始強烈分解。
4.在50℃左右嗜熱真菌和放線菌主要活躍,當溫度升至60℃時,真菌的活動幾乎停止,只有嗜熱放線菌和細菌活躍,當溫度升至70℃以上時,大多數嗜熱微生物都不適合,大量微生物死亡或進入休眠狀態,此時產生的熱量減少,煙囪的溫度自動下降,當煙囪的溫度降至70℃以下時,休眠的嗜熱微生物將恢復活動,繼續分解難降解有機物,熱量將再次增加,因此煙囪的溫度將處于自然調節和延長的高溫期。
5.溫度變化,一般情況下,堆肥堆經過高溫階段后,溫度會逐漸降低,當發酵達到成熟時,堆棧溫度將低于40℃,有機質和揮發性固體含量的變化,隨著發酵的進行,發酵過程中的有機質和揮發固體含量呈持續下降趨勢,達到基本穩定,當它成熟時,它可以減少15-30%,然而這種變化趨勢受到原材料來源的極大影響,僅僅用它來衡量發酵是否腐爛是不夠的。
6.氮、碳氮比和無機氮形態的變化,在發酵過程中,一些有機碳會被氧化成CO2并揮發,堆肥質量會降低,由于氮的損失主要是在有機氮的氨化階段,少量的氨氮會揮發遠低于有機碳的損失,發酵和分解后,發酵中的總氮含量趨于增加,而C/N比繼續下降,直到穩定,一些研究表明，當堆肥的C/N比從25~35:1降至20:1以下時，堆肥將達到穩定狀態。
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