在發酵罐及其附屬設備(空氣凈化系統，溫度、壓力流量等控制系統及相應的管道閥門)中，哪一個環節出現問題都可能造成發酵失敗。因此，應樹立“預防為主"的觀念，從設備入手杜絕可能引起發酵染菌的各種隱患。

　　發酵罐是發酵生產的主要設備。在使用之前，需要對發酵罐進行認真檢查，如檢查其攪拌系統轉動有無異常，機械密封是否嚴密，罐內的螺絲是否松動，罐內的管道有無堵塞，夾層或罐內盤管是否泄漏，以及罐體連接閥門是否嚴密等。

　　目前，機械密封在發酵罐上得到廣泛應用，其取代了以前攪拌軸的填料密封形式，但是如果安裝精度不高或選用的機械密封系統不合適，仍然會發生軸封泄露，造成染菌。因此，在安裝攪拌軸時要注意對中。

　　為了便于觀察發酵罐內的發酵情況，在大型發酵罐內一般都設置了沖洗視鏡的蒸汽管道。但是，蒸汽一旦冷凝在管道中，就無法保證冷凝水的無菌，因此應該去除沖洗視鏡的蒸汽管道，減少染菌隱患。如果因罐內霧氣大看不清楚，可以采用更高亮度的視鏡燈。

　　傳統的空氣凈化系統使用活性炭、棉花、超細玻璃纖維紙作為過濾芯，其過濾效果差，且操作復雜。目前，國內的膜過濾技術已比較成熟，如用偏二氟乙烯(PVDF)制成的折疊微孔濾膜濾芯不僅過濾精度高，且流量大。

　　發酵罐使用時技術人員只要注意對過濾器前壓縮空氣進行除濕脫油，并按規范對過濾器進行滅菌，即可保證空氣無菌。另外，由于PVDF膜對壓縮空氣中的水分不敏感，膜本身的疏水性強，因此可解決以往當空氣濕度過大時棉花過濾器等不能使用的問題。