2、低溫殺菌保持營養成分和傳統風味 微波殺菌是通過特殊熱和非熱效應殺菌，與常規熱力殺菌比較，能在比較低的溫度和較短的時間就能獲得所需的消毒殺菌效果。實踐表明，一般殺菌溫度在75-80℃就能達到效果，此外，微波處理食品能保留更多的營養成分和色、香、味、形等風味，且有膨化效果。如常規熱力處理的蔬菜保留的是46-50%，而微波處理是60-90%，常規加熱豬肝保持為58%，而微波加熱為84%。
3、節約能源 常規熱力殺菌往往在環境及設備上存在熱損失，而微波是直接對食品進行作用處理，因而沒有額外的熱能損耗。此外，其電能到微波能的轉換效率在70-80%，相比而言，一般可節電30-50%。
4、表面和內部都同時進行 常規熱力殺菌是從物料表面開始，然后通過熱傳導傳至內部，存在內外溫差。為了保持食品風味，縮短處理時間，往往食品內部沒有達到足夠溫度而影響殺菌效果。由于微波具有穿透作用，對食品進行整體處理時，表面和內部都同時受到作用，所以消毒殺菌均勻、。
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