微波殺菌設(shè)備在食品業(yè)主要應(yīng)用于各種小包裝食品、瓶裝食品、瓶裝飲料、糕點(diǎn)、餅干、果脯、豆制品、熟食、調(diào)味品（雞精、香精）面粉等的殺菌處理。 微波殺菌是微波熱效應(yīng)和非熱效應(yīng)共同作用的結(jié)果。微波的熱效應(yīng)主要起快速升溫殺菌作用：而非熱效應(yīng)則使用微生物體內(nèi)蛋白質(zhì)和生理活性物質(zhì)發(fā)生變異，而喪失活力或死亡。因此，微波殺菌溫度低于常規(guī)方法，一般比較，常規(guī)方法殺菌溫度要在100-120度以上，時(shí)間要在十幾分鐘至幾十分鐘，而微波殺菌溫度僅在70至90度，時(shí)間約為幾分鐘（例如：豆制品細(xì)菌總數(shù)6-7萬(wàn)左右，經(jīng)過(guò)微波殺菌以后細(xì)菌總數(shù)只有6千以下，大腸菌群小于30，時(shí)間十五分鐘左右達(dá)到食品殺菌的要求）。