微波熱效應(yīng)是微波與物料直接相互作用，將超高頻電磁波轉(zhuǎn)化為熱能的過(guò)程。微波殺菌是微波熱效應(yīng)和生物效應(yīng)共同作用的結(jié)果。微波對(duì)細(xì)菌膜斷面的電位分布影響細(xì)胞膜周圍電子和離子濃度，從而改變細(xì)胞膜的通透性能，細(xì)菌因此營(yíng)養(yǎng)不良，不能正常新陳代謝，生長(zhǎng)發(fā)育受阻礙死亡。 從生化角度來(lái)看，細(xì)菌正常生長(zhǎng)和繁殖的核酸（RNA）和脫氧核糖核酸（DNA）是由若干氫鍵緊密連接而成的卷曲大分子，微波導(dǎo)致氫鍵松弛、斷裂和重組，從而誘發(fā)遺傳基因或染色體畸變，甚至斷裂。微波殺菌正是利用電磁場(chǎng)效應(yīng)和生物效應(yīng)起到對(duì)微生物的殺滅作用。實(shí)踐證明采用微波裝置在殺菌溫度、殺菌時(shí)間、產(chǎn)品品質(zhì)保持、產(chǎn)品保質(zhì)期及節(jié)能方面都有明顯的優(yōu)勢(shì)。