目前 ,糞肥發酵大多是采用堆肥進行發酵，將糞肥堆放在較大的場房或大地上進行敞開發酵，沒有密閉裝置，占地面積大，投資成本高，糞污在發酵過程中采用翻拋機對糞污進行反復翻拋通氧，異味大，工人作業條件差，污染空氣和周邊環境，導致周邊蚊蠅多，發酵不，容易帶菌帶蟲卵，施肥時燒苗，發酵周期長，生產效率低。
我國是畜禽養殖大國，年產生約40億噸畜禽糞便，畜禽糞便處理不及時或處理不當，會造成蠅蟲孽生、空氣污染、水體污染、生物污染及金屬元素污染等大量環境問題，這些環境問題的影響范圍、深刻程度已經超出了工業污染、城市擴張的影響。對于現階段處理畜禽糞便的方法中，微生物發酵法是比較經濟、值得推廣的方法，而在微生物發酵的各種處理設備中，有很多對畜禽糞便干濕分離的處理不夠造成資源的浪費，產生的污水未進行有效處理造成二次污染，對發酵過程控制不夠合理造成效果較差。
好氧發酵反應器系統是將物料置于封閉的容器內，通過控制通風和水分條件，使物料進行生物降解并減量化、穩定化、無害化和資源化。系統占地面積小，臭氣收集方便，運轉靈活，處理效率高，受天氣條件的影響小。好氧發酵設備為連續進出料系統，堆肥過程維持在供氧狀態。
滾筒式堆肥反應器是一種使用水平滾筒來混合、曝氣以及排出堆肥的系統。滾筒固定在大的支座上，并且通過一個機械傳動裝置來轉動。滾筒可分為合體式滾筒和分體式滾筒。合體式滾筒使所有物料按照其裝入滾筒時的次序運動，滾筒旋轉的速度和旋轉時的傾斜度決定了堆肥的停留時間。采用鼓風機強制曝氣，空氣流動方向與物料移動方向相反。通常滾筒式堆肥反應器可24小時連續運行，堆肥周期4-7天。優點是物料在滾筒內反復升高、跌落，可使筒內溫度均勻化。實用性強，節約能源。
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