表面和內部都同時進行常規熱力殺菌是從物料表面開始，然后通過熱傳導傳至內部，存在內外溫差。為了保持食品風味，縮短處理時間，往往食品內部沒有達到足夠溫度而影響殺菌效果。由于微波具有穿透作用，對食品進行整體處理時，表面和內部都同時受到作用，所以消毒殺菌均勻、。

　　微波是頻率從300MHz~300GHz的電磁波。微波熱效應是微波與物料直接相互作用，將超高頻電磁波轉化為熱能的過程。微波殺菌是微波熱效應和生物效應共同作用的結果。微波對細菌膜斷面的電位分布影響細胞膜周圍電子和離子濃度，從而改變細胞膜的通透性能，細菌因此營養不良，不能正常新陳代謝，生長發育受阻礙死亡。

　　微波殺菌機用于粉狀、顆粒、片狀等食品、藥品、營養品、糧食制品、農副產品、牛肉、肉脯、方便面、速食品、米粉的干燥、殺菌，杏仁、花生、紅棗、桃仁、板栗的烘烤、膨化、殺菌、脫皮，醬菜、鹵味、各種肉制品小包裝的防霉、殺菌、保鮮，還用于科研院校的研究。