1、凈化水質
因為腐植酸鈉是一種比較穩定的具有芳香結構的天然大分子有機質，由稀疏的芳香環連結一起構成的一張斷斷續續的網，結構中有許多大小不一的空洞孔隙，這張大網可以將水體中的雜質吸附，并終帶到底部。此外，物理遮陽也是腐殖酸鈉調節水質的功能之一，就是施用腐植酸鈉后，水體變成醬油色可以阻擋部分陽光到達底層，從而可以起到預防青苔的作用，在螃蟹養殖塘使用量比較大。
2、肥料作用
腐殖酸鈉在養殖應用中可以看做是一種肥料，由于腐植酸元素組成碳占50%-60%、氫占4%-6%、氮占1.5%-6%，其余元素是氧，因此利用腐殖酸鈉肥水的主要原理是碳源肥水。長期以來存在的“呼吸學說"認為腐殖酸鈉中的酚功能團能改善根的呼吸作用，因而腐鈉又有“呼吸肥料"之稱。此外有研究表明腐殖酸鈉可以緩沖環境中磷肥不足等問題。