菌落計數分析儀的使用是體現菌落總數檢驗結果的準確性，直接影響這些產品衛生安全性評價的可靠性。
菌落計數2人分別使用菌落計數分析儀，以2人計數結果的平均值報告菌落數。通常認為不同稀釋度間的誤差及同稀釋度兩平行平板間的誤差均不應超過10％~1，若其誤差超過，其結果不可采用。
平板上的蔓延菌落一般不予計數。若有必要對其計數時，鏈狀菌落如僅有1條鏈，可視為個菌落；如有不同來源的幾條鏈，則應將每條鏈作為1個菌落計。若蔓延菌落不到平板的50％，而其余50％中菌落分布又很均勻，即可計算 50％的平板后乘2以代表全平板菌落數。
采取冷凍狀態下進行平板菌落計數的方法是不正確的。必須嚴格按照樣品的解凍條件要求，待樣品解凍后，再實施檢驗 ，此結果才能更客觀地反映樣品實際的污染程度。

目前公司研發兩大系列菌落計數分析儀，分別是V系列和G系列。

V系列：是專為基層微生物實驗室而設計，配備全封閉、仿自然光懸浮式暗視野系統，不受任何外界光干擾，確保對菌落的準確、快速、高效自動統計。有V1、V2和V3三種型號。

G系列：配備超高像素CCD、可變光比-寬光帶-全封閉懸浮式暗視野，注冊的colonfast智能菌落識別技術。具有分析、處理、測量、統計等*功能，是高級研究、檢測機構的選擇。有G1和G6兩種型號。

全自動菌落計數儀因其使用的自動化程度高、分析結果可核對、樣品信息可留存等，已逐漸被越來越多的科研院所、衛生疾控部分所喜愛。