由于要求指示菌的條件較多，在眾多的人糞便細菌中，沒有一種是理想的指示菌。故只能在其中選擇相對較為合適的細菌作為糞便污染指示菌。在正常人糞便中常見、數量最多的是擬桿菌屬、乳酸桿菌屬細菌，但它們作為專性厭氧菌，在排出人體外接觸O2就迅速死亡，且檢驗技術比較復雜，不宜選作糞便污染指示菌。其次是以大腸埃希氏菌(通稱大腸桿菌)為代表的腸桿菌科細菌和糞鏈球菌等好氧或兼性厭氧菌，約占糞便總菌數的1/100。其中大腸桿菌的生活習性與腸道病原菌較為接近，對氯的抵抗能力與病原菌較為相似而比糞鏈球菌強，在水中存活的時間亦與病原菌基本一致而長于糞鏈球菌，而且數量較多，易于培養，即使被稀釋數萬倍也易檢出，比較符合糞便污染指示菌的條件。而糞鏈球菌由于抵抗力比病原菌弱，如果水中不會自行繁殖，因此，水中若發現糞鏈球菌存在，則可確定水體正受糞便污染。

　　目前，國內外多數采用以大腸桿菌為主的組群細菌— —大腸桿菌來作為糞便污染指示菌，以大腸桿菌數作為水的衛生質量指數，即根據水中大腸桿菌的數目判斷水源是否被糞便污染，并間接推測水源受腸道病原菌污染的可能性。為更準確地了解糞便污染情況，必要時選取糞鏈球菌作為水質衛生評價的一個補充參數。另外，糞便細菌中有一種產氣莢膜梭菌，可以作為陳舊糞便污染的指示菌。因為這種產氣莢膜梭菌可形成芽孢，能在水中長期生存。若水中未發現大腸菌群和糞鏈球菌，而檢出了產氣莢膜梭菌，則可表明該水體在以前曾受到過糞便污染。