手持式光譜儀在實際工作中被測量的樣品，往往其成份是由多種元素組成，除待測元素以外的元素統稱為基體。由于被測量的樣品中，其基體成份是變化的（這個變化一是指元素的變化，二是指含量的變化），手持式光譜儀直接影響待測元素特征X射線強度的測量。換句話說，待測元素含量相同，由于其基體成份不同，測量到的待測元素特征X射線強度是不同的，這就是基體效應。基體效應是X射線熒光定量分析的主要誤差來源之一。基體效應是個無法避免的客觀事實，其物理實質是激發（吸收）和散射造成特征X射線強度的變化，除待測元素外，基體成份中靠近待測元素的那些元素對激發源的射線和待測元素特征X射線產生光電效應的幾率比輕元素（在地質樣品中一些常見的主要造巖元素）的幾率大得多，也就是這些鄰近元素對激發源發射的X射線和待測元素的特征X射線的吸收系數比輕元素大得多；輕元素對激發源放出的射線和待測元素的特征X射線康普頓散射幾率比重元素大得多。

手持式光譜儀的定性分析是指：由于各種元素的原子結構不同，在光源的作用下都可以產生自己特征的光譜。如果一個樣品經過激發攝譜在感光板上有幾種元素的譜線出現，就證明該樣品中有這幾種元素。這樣的分析方法就叫做光譜定性分析方法。

手持式光譜儀用于定性分析方法有比較光譜分析法：這種方法應用比較廣泛，它包括標準試樣比較法和鐵譜比較法。標準樣品比較法一般適用于單項定性分析及有限分析。鐵譜比較法它不但可以做單項測定還便于做全分析。手持式光譜儀譜線波長測量法：光譜分析儀器利用譜線波長測量法進行定性分析是先測出某一譜線的波長，再查表確定存在的元素，這種方法在日常分析中很少使用，一般只是在編制譜圖或者做仲裁分析時才用。