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本發明涉及一種從半纖維素酸水解液中分離提純木糖、阿拉伯糖的方法，分離提純的步驟如下：(1)將直接酸水解得到的半纖維素水解液經電滲析、膜過濾濃縮預處理，高純水進行脫氧、過濾備用；(2)經過預處理的半纖維素水解液進入模擬移動床色譜分離裝置進行分離，分離后得到兩種出料液；(3)將兩種出料液用多效降膜蒸發器濃縮、降溫結晶得到木糖、阿拉伯糖產品。本發明采用模擬移動床色譜分離裝置(SSMB)系統提取單糖，將多個吸附柱串聯成閉合環路，通過不斷切換閥門改變各股物料的進出口位置，實現固、液兩相的相對移動，進行不同組分的分離提取，它既有固定床吸附操作簡單的優點，又有移動床連續操作的能力，適合大規模工業化生產。