微波在制藥行業主要用于中草藥材、藥丸（水丸、水蜜丸、）藥粉、藥粒、藥片、各種口服液的干燥、殺菌、加熱、萃取。 長期以來，我國醫藥加工業都是采用傳統的加熱干燥、殺菌方式，如采用熱風、遠紅外進行藥品的干燥．用高溫高壓，鈷60輻照等進行殺菌。它們不僅熱效率低、加熱時間長、占地面積大．不利于環保，同時，殺菌要在120℃左右的高溫下．時間20~40分鐘．其藥品的藥效和營養成份受到一定程度的玻壞。而采用微波干燥、殺菌能充分發揮微波干燥、殺菌特性，就可以解決傳統加熱的弊端。例如：用精心設計的藥丸微波干燥、殺菌設備，加工的藥丸不龜裂，一致性好．保持原藥性，大大延長了保質期．采用10Kw 微波口服液殺菌的設備，每小時可加工10mL 的口服液 6000 只以上，其殺菌溫度僅為 80 ℃ 左右．時間不到 1 分鐘。不僅衛生指標達標而且口服液色澤 清澄、保持了口服液原營養成份、無沉淀，口感佳。