畜禽糞便加工商品有機肥需要兩個步驟：前期發酵與處理部分和深加工造粒部分。設備配套需要發酵翻拋機、有機肥粉碎機、滾筒篩分機、臥式混合機、圓盤造粒機、回轉烘干機、冷卻機、篩分機、包膜機、包裝機、輸送機等設備。
正常有機肥設備發酵溫度主要通過翻堆和強制通風來調控，一般遵循“時到不等溫、溫到不等時"的原則，即在發酵前期，即使發酵起溫緩慢甚至不起溫，48h后必須翻堆或者通風，避免堆體形成厭氧環境。在高溫階段當堆溫低于50℃，應及時翻堆，提高堆溫，促進有機物分解和殺死有害生物。在發酵后期，一旦溫度超過65℃，必須及時翻堆，防止有機物質碳化和氨氣。
雞糞一定要經過發酵處理才能進行深加工或者再利用，雞糞通過有機肥生產線進行發酵處理，不僅能殺蟲滅菌，還可提高雞糞的肥效，使用安全方便，抗病促長，更不會造成燒根燒苗的現象，可以保證農作物的生長，同時也減少了農民給農作物噴灑農藥的步驟，大大節省了農藥成本。
發酵是生產微生物有機肥的重要環節，它是通過發酵菌劑的催化作用，將畜禽糞便進行無害化處理。發酵工序對物料性狀有一定要求，以雞糞為例，由于雞糞水分含量較高，需經雞糞脫水機處理后才能作為發酵原料。如果收集的雞糞是采用刮糞方式清理出來的，其含水量會稍低，無需使用固液分離機進行脫水處理，這個根據實際情況而定。
隨著肥料行業的不斷發展，人們已經把微生物、肥料和環境這三個互相關聯的元素作為一個整體來研究，推動普通有機肥設備向復合生物肥方向發展。微生物有機肥料是在普通有機肥基礎上發展而來，其內部具有特定功能的微生物通過自身的生命活動促進土壤中物質的轉化、提高作物營養水平、促進和協助營養吸收、調控作物的生長，防治有害微生物等等。
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